Налетам подвергались не только сама железная дорога, но и прилегающие населенные пункты. В казахских поселках Орда и Джаныбек в результате авиаударов погибли сотни мирных жителей, были уничтожены практически все дома и хозяйственные постройки. В Джаныбеке от прямого попадания авиабомб полностью сгорел госпиталь, пострадали даже сельскохозяйственные угодья в Казахстане. Так, 12 и 13 сентября германские бомбардировщики сбросили несколько сотен зажигательных бомб разного калибра на поля колхозов «Алгаба» и «Жана Турмыс» Джаныбекского района. В результате сгорели 38 000 гектаров сенокосных угодий и кошары для скота. Местные жители по полдня отсиживались в вырытых щелях и траншеях.
Особенно трудно приходилось железнодорожникам. Из-за того что днем люфтваффе полностью господствовали в воздухе, они вынуждены были ремонтировать пути ночью, в темноте. Каждый день из строя одновременно выходили множество участков, находящихся на большом расстоянии друг от друга, что сильно затрудняло работу. Людей катастрофически не хватало, поэтому к работам привлекалось местное население, в том числе женщины и дети. Техника и стройматериал также имелись лишь в ограниченном количестве, посему качество ремонта оставляло желать лучшего. Из-за нехватки времени на засыпку воронок железнодорожники восстанавливали пути зигзагами, просто обходя рытвины и ямы, а также скопления сгоревших вагонов и цистерн. Когда холодная сентябрьская ночь заканчивалась, все начиналось сначала.
Вот как о сложной напряженной работе по перевозке железнодорожных грузов вспоминал железнодорожник М. В. Кошманов:
Обратив внимание, что немецкие самолеты в первую очередь охотятся за нефтеналивными составами, железнодорожники стали обшивать цистерны досками, маскируя их под обычные вагоны, под платформы с лесом. Вдоль путей были вырыты капониры, в которых находились трактора и другая техника для быстрого растаскивания сгоревших вагонов. Но пробки все равно возникали. Никакого способа связи со станциями не было. Машинистам выдавали предупреждения, что впереди отправлен поезд с интервалом в 10 минут, и паровозные бригады обеспечивали безопасность движения своей бдительностью, а порой и ценой своей жизни. В дальнейшем для сопровождения нефтеналивных составов были сформированы подвижные противопожарные группы. В состав почти каждого эшелона включались один-два пожарных вагона и цистерна с водой.
Но помимо больших потерь возникала еще одна существенная проблема. До начала бомбежек движение эшелонов осуществлялось участками по 80—100 км, именно такое расстояние мог без дозаправки водой и углем преодолеть паровоз. Далее на участковой станции он отцеплялся от состава и переходил на другой путь, а эстафету принимал заправленный паровоз. Первый же, пополнив запасы, прицеплял состав, следующий в обратном направлении, и вел его до следующей участковой станции. Постоянные бомбардировки нарушили этот порядок. Участковые станции были разрушены, резервуары с водой разбиты, уголь сгорел. В этих условиях приходилось включать в состав эшелона два-три, а иногда и пять полностью заправленных паровозов, которые почти безостановочно вели поезда от Астрахани до станции Урбах около Саратова. Кроме того, дополнительно прицеплялись вагоны с углем, а также платформы с зенитками. Все это значительно увеличило размеры эшелонов, превратив их фактически в огромные железнодорожные караваны.
Значительно сократилась скорость движения. В сентябре, а потом и в октябре на участке от Астрахани до Саратова поезда преодолевали за сутки не более 30–40 км, а на участке Баскунчак – Эльтон и того меньше. При этом простои на узловых станциях, несмотря на отчаянные усилия железнодорожников, доходили до семи суток. В районе Саратова, Энгельса и Аткарска к 22 сентября скопилось 5124 вагона, в том числе около тысячи с воинскими грузами, еще 2700 вагонов находились «в движении», переползая от станции к станции с черепашьей скоростью.