Он оставил свой больничный пост, подарив свои патологические образцы и несколько своих книг библиотеке. Распродав остальные и избавившись от домашнего скарба, 8 октября 1819 года он покинул Париж в черном кабриолете, в котором так часто ездил навещать своих пациентов.
В течение двух лет Лаэннек жил жизнью добропорядочного фермера, пытаясь восстановить свое здоровье. В те дни, когда он не занимался делами в Керлуарнеке, он неторопливо гулял по лесу со своими собаками или отправлялся верхом в продолжительную спокойную поездку. Он занимался лечением фермера, арендующего у него жилье, и всех, кто нуждался в его услугах, что давало ему возможность продемонстрировать местным врачам стетоскопы, которые он изготавливал на своем токарном станке как никогда искусно. Лаэннек проводил бесчисленные часы, совершенствуя свою бретонскую речь. Каждое воскресенье с четками в руке он присоединялся к торжественному шествию крестьянок и рыбаков, снявших головные уборы, к местной деревенской церкви. Он стал во всех отношениях бретонским деревенским сквайром.
Несмотря на неторопливый ритм жизни, силы Лаэннека возвращались очень медленно. Когда его кузен Кристоф написал в январе 1821 года, что может предложить ему место на факультете медицины, он не поддался искушению. Дядя Гийом, который не понимал, насколько далеко зашла болезнь у его племянника, написал ему, что только психопат не воспользовался бы такой возможностью. Одной строкой ответного письма молодой человек описал, как тяжело ему справляться с ежедневными заботами. «Я похож на Аякса, – писал он. – Все, что мне остается, – это доблестно сражаться каждый день».
Однако со временем Лаэннек начал задумываться о своем возвращении. Окончательное решение он принял в конце лета 1821 года. В начале октября в сопровождении своего племянника Мерьедека Лаэннека который тоже был врачом, с многочисленными остановками он отправился в Париж. Вскоре после прибытия, 15 ноября, он возобновил практику и вновь начал читать лекции по клинической медицине. Лаэннек не посещал больных на дому, но консультировал много пациентов, среди которых было значительное число состоятельных людей, так что его доход вскоре снова стал весьма существенным. Еще раз благодаря влиянию и связям, при всей недостойности подобных методов, один из самых уважаемых врачей Франции получил вполне заслуженную высокую должность. По королевскому указу Людовика XVIII в феврале 1816 года конкурсы были отменены, и профессора стали назначаться правительством. Приятель Лаэннека, бретонец, министр Корбьер, позаботился о том, чтобы 31 июля 1822 года профессором и королевским преподавателем Французского колледжа стал его друг. В начале следующего учебного года назначение королем своего казначея главой университета вызвало ряд незначительных студенческих выступлений в знак протеста против этого решения. Правительство воспользовалось возможностью обвинить в беспорядках профессоров, чьи либеральные наклонности его давно не устраивали. Королевским указом от 21 ноября 1822 года профессорско-преподавательский состав факультета был распущен. С помощью этой очевидной уловки министры избавились от нежелательных для них людей и заменили их другими, чьи политические и религиозные взгляды были более приемлемыми. Лаэннек, который придерживался надлежащих ортодоксальных религиозных убеждений и был хорошо известен как роялист, был одним из немногих, кто выиграл от студенческих волнений. Он стал членом небольшого комитета, учрежденного для реорганизации факультета, в результате которой он стал единственным профессором медицины во Французском колледже. Вскоре последовали и другие отличия. В январе 1823 года он был избран действительным членом медицинской академии, а в августе 1824 года он получил звание рыцаря ордена Почетного легиона.
Больница Шарите была подходящим местом для профессора медицины Французского колледжа. Теперь Лаэннек занимался клинической работой там, где он провел свои студенческие дни, в старых зданиях на улице Сен-Перес. Здесь начались дни его истинного триумфа как преподавателя. Он учил других так же, как постигал медицину сам, сопоставляя симптомы и результаты физикального обследования пациентов с данными, полученными при вскрытии. В наше время патология – это отдельная специализация, а в те дни она была продолжением клинической медицины. В преподавательской и исследовательской деятельности патология была самой важной и полезной частью. В пять больничных палат, находившихся под руководством Лаэннека, сотнями стекались иностранные студенты, привлеченные не столько его высокой квалификацией клинициста, сколько чтением его книг, переведенных на многие языки. Даже в большей степени, чем прежде, Париж стал главным мировым центром изучения медицины, и его ядром был Рене Лаэннек.