На этот раз его приговорили к пяти годам ссылки в Восточную Сибирь. Это значило еще один этап, но здоровье Дзержинского было настолько плохим, что по дороге в город Верхоленск на реке Лене его оставили в больнице. Он кашлял кровью. Несмотря на это, он тут же совершил побег вместе с еще одним социал-демократом: они угнали лодку и пустились в обратный путь вниз по реке, по очереди сидя на веслах. Хотя стоял июнь, было холодно, на воде лежал туман. На одном из порогов лодка опрокинулась, и Феликс пошел ко дну. К счастью, спутник спас его, но оба вымокли и замерзли. Пришлось развести костер, раздеться и просушить одежду. Вскоре их заметили крестьяне, и Дзержинский сказал им, что он и его друг — купцы. За пять рублей крестьяне отвезли их к ближайшей железнодорожной станции. Такое поведение вызвало презрение Феликса: «Ну и дураки вы, мужики! Вы когда-нибудь видали таких купцов? Вот дураки!» [4] Это были тревожные предвестники его более позднего отношения к крестьянам: Феликс мог оправдать реквизицию зерна у крестьян, умиравших от голода, только чтобы городские рабочие могли выжить.
Дзержинский вернулся в Варшаву настолько больным, что партийные товарищи отправили его в санаторий в Цюрих. Он поехал, но только потому, что у него был скрытый мотив: он был влюблен в девушку, Юлию Гольдман, с которой познакомился еще в Ковно. Она тоже была больна туберкулезом и тоже лечилась в Цюрихе. Вместе с Гольдман Феликс быстро пошел на поправку, а затем провел с ней счастливое время в Швейцарских Альпах. Однако состояние девушки неуклонно ухудшалось, и в июне 1904 года она умерла, что стало для Дзержинского сокрушительным ударом.
Феликс Дзержинский прошел суровую школу жизни, и неудивительно, что его мышление было схоже с мышлением Владимира Ленина, лидера большевистской фракции Российской социал-демократической рабочей партии (РСДРП(б)). Когда Дзержинский помог организовать слияние своей партии с российской (сохранив в ее составе автономию), делегаты избрали его польским представителем в Центральный комитет партии. Тогда Дзержинский и Ленин встретились лицом к лицу и начали закладывать фундамент будущего мощного партнерства.
Перед этим Дзержинский вернулся в Польшу, где вел борьбу с работодателями из Лодзи, которые подавляли левые настроения в городе. Он боролся единственным известным ему способом — жесткой агитацией. В целях маскировки Феликсу пришлось сбрить бороду и усы, сменить имя и жить по фальшивым документам. Он использовал невидимые чернила, когда писал товарищам по партии, никогда не спал в одном и том же доме дважды и соблюдал меры предосторожности при передвижениях по городу. К этому времени он стал опытным революционным агитатором и в совершенстве овладел искусством скрываться от властей. Тем не менее полиция в очередной раз задержала его 16 апреля 1908 года. Дзержинского год продержали в тюрьме, а затем приговорили, на сей раз беспощадно — к пожизненной ссылке в Сибирь. Прошло еще шесть месяцев, прежде чем он прибыл в деревню Тасеево под Канском, пройдя по этапу с усиленной охраной. Через неделю ему удалось бежать.
Дзержинский считал, что помешать ему не сможет ничто. Ему и в голову не приходило сбавить обороты или занять не самое центральное место в революционном движении, чего бы это ни стоило. Когда молодая партийная работница Софья Мушкат от него забеременела, он женился на ней. Однако Софью сразу схватили власти, и она родила сына Яна в тюрьме незадолго до объявления приговора — ссылки в Сибирь. Дзержинский не мог взять младенца с собой, поскольку жил в бегах, но в итоге нашел ему убежище у друзей. Жену он решил спасти. Для этого он спрятал поддельный паспорт и немного денег в обложку книги. Книга отправилась к Софье в тюрьму, сопровожденная советом внимательно ее прочитать: «…в этой книге много бодрящих мыслей, придающих настоящую силу» [5]. Изучив книгу, Софья нашла спрятанную передачу и совершила побег. Она приехала в Польшу всего через несколько недель после того, как царская полиция вновь настигла ее мужа.
В 1912 году началось самое длительное и суровое заключение Дзержинского. Два года он томился в Варшавской крепости. Находясь в одиночестве, он едва сдерживал отчаяние, мечтая о семье. Он писал Софье: «Я жду с нетерпением фотокарточку Ясика. <.. > Я так мечтаю получать о нем самые подробные сведения <.. > взять его на руки и приласкать» [6]. Когда она прислала ему фотографии сына, он прикрепил их к стенам своей камеры хлебным мякишем и часами смотрел на них. Тогда же он написал пронзительное стихотворение:
Его автор — безутешный отец, который всего через несколько лет росчерком пера будет превращать бесчисленных жен во вдов, а детей — в сирот.