Надежды её не оправдались: болезнь принцессы была болезненной и затяжной, и Шарлотта продолжала постепенно угасать, пока 18 сентября 1524 года смерть не избавила её от страданий. После чего Маргарите предстояла печальная задача сообщить своему брату о смерти его ребёнка. Франциск в то время находился на юге, занятый военными приготовлениями к походу в Италию. Королю трижды снилось, что его маленькая дочь появляется у его постели и торжественно прощается с ним следующими трогательными словами:
— Прощайте, государь, я ухожу в рай.
Этот сон произвёл столь глубокое впечатление на Франциска, что ещё до получения послания от сестры у него возникло предчувствие, что Шарлотта либо уже мертва, либо при смерти. В своём письме к Брисоннэ Маргарита также пишет о реакции Луизы на смерть её внучки:
— Мадам… узнала печальную новость из-за неосторожности одного капитана, которая так сильно огорчила её, что с обеда до ужина у неё, не переставая, текли слёзы. Её причитания, однако, не перемежались с гневом или нетерпением; ибо она никогда не переставала призывать меня к покорности; таким образом, выполняя по отношению ко мне роль утешительницы, за что я обязана ей…
— Благословенна та смерть, которая дарует нам мир, — как всегда, цветисто отвечал епископ Мо Маргарите, — и приносит покой после трудов и мук этого мира! Весьма благословен тот, кто покинул этот мир; поэтому мадам Шарлотту не следует жалеть; ибо, ведомая невинностью в качестве своего проводника, она вошла в покои Божественного Жениха, который повелевает Вам, мадам, не беспокоить её своими слезами и причитаниями…
Смерть Шарлотты вдохновила её тётку на написание поэмы «Диалог как ночное видение» в духе Петрарки. Как будто беседуя с духом маленькой племянницы, она затронула в своём произведении вопросы «свободной воли», «Божественной благодати» и «оправдания верой», которые так занимали деятелей Реформации.
Когда последний иностранный солдат покинул землю Франции, король с ликованием основал свою штаб-квартиру в городе Авиньоне. А герцогиня Ангулемская и Маргарита поспешили вернуться в Лион. Здоровье Луизы улучшилось, хотя она продолжала время от времени страдать от серьёзных приступов болезни. Известие о бегстве солдат Бурбона не вызвало у герцогини Ангулемской радости, потому что одновременно она узнала, что Франциск намерен снова отправиться за Альпы. Курьера за курьером Мадам отправляла в Авиньон с просьбой к сыну не покидать своё королевство, которому угрожало новое английское вторжение. Маргарита тоже присоединилась к мольбам своей матери.
Но все их доводы не убедили Франциска. Он горел нетерпением отомстить Карлу V за предшествовавшие неудачи и наказать дерзкого Бурбона, «забывшего честь и Бога» и осмелившегося воевать против своего государя и отечества. Кроме того, близкий друг короля, легкомысленный адмирал Бонниве, только что потерпевший поражение в Ломбардии, но не наученный этим горьким опытом, постоянно рисовал королю заманчивые картины будущих побед.
Однако эта военная кампания началась с плохих предзнаменований: Баярд, этот «рыцарь без страха и упрека», был смертельно ранен. Едва король тронулся в путь, как ему сообщили сначала о кончине его жены, а потом — дочери.
Тревога Луизы Савойской была очень велика и она просила сына дождаться её в Авиньоне. Однако Франциск, понимая, как ему будет трудно устоять перед красноречием и мольбами матери, поспешил присоединиться к своей армии и отправил гонца обратно в Лион с подтверждением её регентства. Курьер встретил Мадам по дороге в Авиньон и она с грустью вернулась в Лион, оплакивая поспешное и опрометчивое решение своего сына, как будто предвидела его катастрофический результат.
Грамота о регентстве давала широкие полномочия герцогине Ангулемской. Какими бы обширными ни были прерогативы, предоставленные ей во время кампании короля в Италии в 1515 году, они были превзойдены полномочиями, предоставленными ей сейчас. Парламент, когда эдикт был представлен на его утверждение, осмелился было снова возразить против регентства Луизы Савойской. Однако ответ короля, что «не доверять его матери — значит оскорблять его самого», закрыл сенаторам рты. Историки единодушно свидетельствуют, что регентша оправдала высокое доверие, оказанное ей сыном. Её энергия и преданность спасли Францию от полного разорения. Когда казалось, что всё потеряно — монарх оказался в плену, а финансы разорены, именно мудрое правление герцогини Ангулемской восстановило доверие к королевской власти, именно её гений остановил вторжение грозной лиги, угрожавшей независимости стране.
Луиза была одной из тех замечательных женщин, которые пришли к власти в связи с какой-то чрезвычайной ситуацией. Стоит отметить, что во многих случаях только женское мужество и находчивость спасали французскую корону в периоды неминуемой опасности. Бланка Кастильская, Анна де Божё, Луиза Савойская и Екатерина Медичи — все они во время своего регентства демонстрировали примеры блестящих талантов, с честью выходя из критических ситуаций.