В то время как Франциск I томился в своей тюрьме, страх перед ним больше не сдерживал страстей, охвативших все слои общества. Регентшу боялись и ненавидели, хотя парламент не осмеливался переходить определённую черту. Канцлера, её главного советника, повсеместно проклинали и поносили. Только Маргарита своей мягкостью, изяществом и приветливостью легко завоёвывала сердца окружающих.
Но вдовствующую герцогиню Алансонскую ожидало ещё одно тяжёлое испытание, которое повергло её в отчаяние и вызвало скандал и изумление по всему королевству. Сорбонна неожиданно заявила, что не существует более надёжного средства для устрашения всей Франции, чем предъявление епископу Мо обвинения в ереси. Вслед за тем парламент издал указ от 3 октября 1525 года, предписывающий представителям Беды подвергнуть Брисоннэ частному допросу, «касаясь вещей, в которых его обвинила Сорбонна».
Охваченный тревогой, епископ тщетно искал у двора поддержки и защиты. Вместо этого регентша и канцлер призвали его публично отречься от ереси и прервать всякое общение с реформаторами. Маргарита же ничем не могла ему помочь, потому что ещё ранее её брат выразил недовольство тем, что она слишком часто просила его за своих друзей. В качестве последнего средства Брисоннэ потребовал, чтобы его заслушали перед собравшимися палатами парламента — привилегия, на которую он, несомненно, имел право как епископ Мо и граф де Монбрен. Тем не менее, его просьба была отклонена, и Брисоннэ пришлось подчиниться. Кроме того, на него была наложена епитимья, и по возвращении в Мо он созвал епархиальный синод, на котором осудил доктрины Лютера. Более того, по распоряжению парламента он был наказан номинальным штрафом в двести ливров, который должен был быть израсходован на покрытие расходов государства по преследованию его учеников. Оставшиеся несколько лет жизни Брисоннэ (он умер в 1533 году) прошли в безвестности и горьком раскаянии. Окружённый шпионами, он окончательно подорвал свою репутацию проявлениями уже ненужного религиозного рвения, из-за чего лишился доверия Маргариты.
Вслед за падением Брисоннэ по всему королевству начались преследования реформаторов. Луи де Беркен был брошен в тюрьму и приговорён к сожжению на костре. Друзья Беркена настойчиво умоляли Маргариту во второй раз спасти его от ярости его врагов. Напрасно она просила мать и канцлера проявить милосердие к так называемым «еретикам» на том основании, что среди них были самые образованные люди Франции. Ужасные казни продолжались в разных частях страны и наполняли её сердце тоской и страхом. Наконец, негодование придало ей мужества. Её совесть не позволила ей покинуть тех, кто безоговорочно полагался на её защиту и чьи убеждения она разделяла. Поэтому принцесса, наконец, решилась снова обратиться за помощью к брату.
В послании к парламенту Франциск приказал освободить своего камердинера Луи де Беркена. Кроме того, регентше было приказано приостановить все процессы, возбуждённые против еретиков, до возвращения короля. Судя по тому, с какой готовностью Луиза Савойская подчинилась своему сыну, она была не прочь проявить милосердие, при условии, чтобы её собственная ортодоксальность не подвергалась сомнению, или же она использовала данную ситуацию в целях примирения со своими противниками.
Возмущение парламента было чрезвычайным: депутаты, выразив протест регентше, пообещали:
— Если, несмотря на приказы короля, Вы санкционируете создание инквизиции, парламент охотно возьмёт на себя вину за это.
Однако герцогиня Ангулемская ответила, что воля короля должна неукоснительно выполняться как ею самой, так и парламентом.
Тем временем Лефевр поселился в Страсбурге в доме реформатора Капито, где также нашли убежище Фарель и Руссель. Там учёные часто проводили собрания, чтобы обсудить наилучший способ распространения реформационных идей по всей Франции. Это важное поручение было доверено Лефевру герцогиней Алансонской, которая приказала ему вести протоколы совещаний, чтобы впоследствии отчитаться перед ней.
— Молитесь за меня, насколько подскажет ваша дружба; и я, со своей стороны, буду считать себя обязанным ответить вам тем же, — писала Маргарита.
Поскольку регентша строго запретила преследования реформаторов, парламент утешился тем, что с новой энергией продолжил судебный процесс над сообщниками Бурбона. Сенаторы, неприязненно относившиеся к Франциску, охотно воспользовались случаем, чтобы продемонстрировать свою независимость и безразличие к мнению двора. Поэтому приговоры, которые они вынесли друзьям коннетабля, отличались чрезмерной мягкостью: лишение должностей и титулов, штрафы, конфискации имущества. Таким образом, граф де Сен-Валье стал главным «козлом отпущения». Впрочем, просидев в крепости Лош до возвращения короля, он получил затем полное прощение, был освобождён и удалился к себе в Дофинэ, где прожил ещё 15 лет.