«Церковь русская, по глубокому убеждению митрополита Макария, стала на земле единственной чистой выразительницей христианской истины, но в то же время продолжала страдать и очевидными бытовыми недостатками. Митрополит Макарий поэтому считал своей жизненной задачей – с помощью царя православного исправить в отечественной церкви все веками накопившиеся в ней недостатки и явить миру все заключенные в ней сокровища и добродетели, чтобы она стала на самом деле достойной своего мирового вселенского призвания»23
.С 1560-х годов последовало удаление прежних советников царя, опалы на разных сильных людей, отъезд князя Курбского в Литву, учреждение опричнины и боярские казни. Среди немалочисленных опал и гонений этого периода митрополит выступал печальником за обидимых, и государь внимал его ходатайствам. Сильвестр не сумел удержаться на своей высоте. Его мелочная и назойливая нравоучительность, о которой можно судить по его «Домострою», неприятно столкнулась со страстной, не терпевшей никаких сдержек природой царя. Митрополит Макарий скончался 31 декабря 1563 года. 24 февраля 1564 года был избран в митрополиты, вероятно по желанию царя, его бывший духовник и протопоп Благовещенского собора, постригшийся в Чудовом монастыре с именем Афанасия. После двухлетнего с небольшим управления митрополией, старец Афанасий добровольно удалился с кафедры снова в Чудов монастырь (16 мая 1566 года).
Ближайшим преемникам митрополита Макария пришлось занимать московскую кафедру в тяжелое время окончательного утверждения Грозным царем своего полного абсолютизма, причем всякая сила, стоявшая на пути к этой цели, неминуемо обрекалась на уничтожение. Исторические традиции не позволяли митрополитам совершенно устраняться от политики, наоборот, обязывали участвовать в ней хотя бы нравственно. К своей теории царской власти, направленной прежде против одних бояр, царь прибавил новые черты, относившиеся к участию в государственных делах духовенства. Свой подозрительный взгляд на бояр Грозный царь перенес и на духовенство. Всякое слово назидания со стороны пастырей церкви или печалования за опальных стали казаться царю уже посягательством на его власть, напоминали ему попа Сильвестра. При самом учреждении опричнины в 1565 году он объявил народу, что положил свою опалу не только на бояр, но и на духовенство за то, что захочет государь наказать бояр – а духовенство их покрывает перед государем.
Вызванный в Москву из Соловецкой обители, и обласканный царской милостью, игумен Филипп сначала отказался от принятия предложенного ему сана, но, будучи понуждаем царем и собором, откровенно поставил с своей стороны условием отмену опричнины. Иван Васильевич разочаровался в кандидате на митрополию, но отложил свой гнев, и дозволил посвятить Филиппа в митрополита также с условием, «чтобы он в опричнину и в царский домовый обиход не вступался и после поставления не оставлял бы митрополии из-за того, что царь не отменил опричнины». И Филипп дал на это свое согласие, после чего и был поставлен в митрополита 25 июля 1566 года.
Гонимые искали заступничества у митрополита, и он обращался к царю с пастырскими увещаниями, неоднократно обращался к Ивану Васильевичу с открытыми обличениями в несправедливых жестокостях. Митрополит Филипп в своем обращении к царю говорил: «У татар и язычников есть правда: на одной Руси нет ее. Во всем мире можно встречать милосердие, а на Руси нет сострадания даже к невинным и к правым. Мы здесь приносим бескровную жертву за спасение мира, а за алтарем без вины проливается кровь христианская».
Для извержения из сана Филиппа был созван собор – позорнейший из всех, какие только были на протяжении всей русской церковной истории. Мужественный святитель, выслушав лжесвидетелей, не унизился до оправданий и прямо начал слагать с себя знаки своего сана. Но торжествующие враги не позволили ему сделать это так легко и просто. После унижений, издевательств св. Филипп был сослан в Тверской Отрочь-монастырь, где через год Малюта Скуратов собственноручно задушил его, сказав монастырским властям, что митрополит умер по их небрежности «от неуставного зною келейного».
После св. Филиппа, при выборе кандидатов на митрополичью кафедру, Иван Васильевич руководствовался тем соображением, чтобы не пускать на этот пост людей родовитых, которые могли бы смотреть на его политику под углом зрения старых аристократических традиций. Так или иначе, но три следовавшие один за другим митрополита конца царствования Грозного уже наложили печать на уста свои и предоставили царю «творить елика хощет».