Московские правители понимали, что принятие Русью унии, несет в себе угрозу, и приведет к ее подчинению западноевропейским католическим государствам. Великий князь Василий Васильевич вместе со своим окружением отверг унию, и арестовал Исидора после его возвращения в 1441 году из Флоренции в Москву. Князь Василий Васильевич в 1445 и 1446 году перенес два плена: у татар и у своего соперника Д.Ю. Шемяки. Возвратился на свой стол он 17 февраля 1447 года. Но самостоятельное поставление митрополита состоялось только в декабре 1448 года. По инициативе князя Василия на соборе высших иерархов Русской Церкви было принято постановление о низложении Исидора. После чего великий князь Василий дал возможность Исидору уйти из Русской земли, допустив его побег из-под стражи. Митрополит Исидор, осужденный и низложенный в Москве, бежал в Рим к папе. Понятно, что в Риме не признавали никакой силы за московским приговором, считали Исидора законным первосвятителем Руси, а Иону – узурпатором. Насколько было бы безумной химерой мечтать водворить Исидора снова в Москве, настолько не теряли в Риме надежды – восстановить его власть над Литовско-Галицкой частью Русской митрополии.
До первой трети XV века местные кандидаты на митрополичью кафедру, выдвигаемые русскими князьями, исправно отправлялись в Константинополь для утверждения и рукоположения, пока, наконец, злополучная Флорентийская уния не вынудила русских порвать прежние доверчивые отношения с греками и установить новый порядок самостоятельного избрания и поставления себе автокефальных митрополитов на Москве. Однако Москва не решилась на немедленный разрыв с Константинополем. В течение нескольких лет русская митрополичья кафедра оставалась вакантной. Только в 1448 году по указу великого князя Собор русских епископов поставил митрополитом Московским и всея Руси Иону, епископа Рязанского, который фактически управлял русской митрополией, без утверждения его константинопольским патриархом. Поставление митрополита Ионы на Москве произошло еще без намерения со стороны русских навсегда выйти из-под власти Константинопольского патриарха. Русские в настоящем случае проявили до излишества скрупулезную каноническую совестливость и не решались сделать того, что они не только с полным правом могли, но, при тогдашних обстоятельствах, даже и должны были сделать, т.е. открыто провозгласить своих митрополитов независимыми от патриархов-униатов. Но такое намерение и решимость сложились, наконец, при жизни митрополита Ионы.
В Грецию написана была грамота, в которой объяснялось, что Русская Церковь не разрывает своего союза с Греческою. Поставление митрополита совершено теперь в самой России по великой нужде от турок, по неудобству сношений, да и потому, что в России неизвестно даже, есть ли патриарх в Царьграде. Митрополит Иона, оправдывая свое поставление в Москве без участия цареградского патриарха, писал в своей окружной грамоте в 1448 году, что русские князья принимали и благословение, и митрополита из Царьграда, пока там было православие. Константинопольский патриарх признал это действие незаконным и отлучил «русскую паству» от Церкви, наложив интердикт. В самой Москве поставление Ионы вызвало недовольство, и протесты в среде определенной части духовенства.
Однако обстоятельства сложились для русских так благоприятно, что КПль должен был без возражений, молчаливо признать правильность поставления митрополита Ионы. В начале 1449 года в КПле, вместо умершего устроителя флорентийской унии императора Иоанна Палеолога, вступил на престол брат его Константин, который объявил себя сторонником православия. Православный император, конечно, не мог винить русских за то, что они поставили себе митрополита независимо от униатского патриарха.
С этого времени русские митрополиты стали избираться собором русского духовенства самостоятельно, без утверждения и хиротонии византийским патриархом. Таким образом, в 1448 году Русская Церковь фактически, хотя и без канонического оформления, стала автокефальной, т.е. самостоятельной и самоуправляемой, независимой от Константинополя. Митрополит Иона последний кто имел титул Киевский и всей Руси. Св. Иона сам благословил посредством особой грамоты, положенной на престоле в Успенском соборе – быть своим преемником ростовскому архиепископу Феодосию, который уже назывался митрополитом Московским и всея Руси.
В 1453 году КПль был взят турками, и вся Византия подпала под турецкую власть. Божья кара за измену Православию, за союз с папой-католиком постигла Византию – говорили тогда в Москве, узнав о победе турок. Иона утешил патриарха Геннадия посылкой даров и просил у него благословения. Вероятно, в это время Русской Церкви дано было право поставлять митрополита независимо от Греческой Церкви. Русская митрополия сделалась самостоятельной и поставлена была первою после Иерусалимского патриархата.