Иоанн желал исправить образ жизни клириков, чем навлек на себе всеобщую ненависть. Его избегали как бешеного и публично поносили. Поскольку он никогда не приглашал и не желал идти на званые обеды, все считали, что он занимается позорным объедением. Другие же думали, что он поступает так из любви к изысканной и утонченной пище. На самом же деле у него часто болели желудок и голова от воздержания, и потому он избегал пиров. Но народ любил Иоанна за его проповеди в церкви и не внимал речам завистников.
Иоанн стал также порицать неких знатных людей, чем возбудил к себе еще большую ненависть. Евтропий, императорский препозит и консул, желая отомстить неким людям, укрывшимся в церкви, добился от императора закона о том, чтобы никому не дозволялось скрываться в церкви, а прежде бежавшие туда были схвачены. Вскоре сам Евтропий нанес оскорбление императору и бежал в церковь. Услышав об этом, епископ Иоанн пришел к Евтропию, затаившемуся за алтарем, и жестоко порицал его. Этими речами он оскорбил многих, ибо не пожелал смилостивиться над несчастным. Император же, схватив Евтропия, велел отрубить ему голову.
Стойко обличая по различным причинам множество людей, Иоанн был ненавистен многим. Феофил, епископ Александрийский, хотел низложить Иоанна и поставить на его место некоего пресвитера Исидора. Потому Феофил доискивался поводов к низложению. Народ же любил Иоанна и жадно насыщался его учением. Иоанн побуждал также священников жить согласно канонам. Он говорил, что не должен пользоваться почестями священства тот, кто не желает вести подобающую священству жизнь. Он не только твердо правил Константинополем, но и многие соседние провинции снабдил разумными законами. Узнав, что в Финикии доныне служат демонам, он послал туда клириков и монахов, повелев разрушить все изваяния и храмы идольские.
В то время некий Гайна, гот по происхождению, разумом варвар, гордый стремлением к тирании, развращенный арианской ересью, сделался, тем не менее, военным магистром. Он просил императора дать ему одну церковь в стенах Константинополя. Дозволив это, император просил Иоанна выделить какую-либо церковь и так обуздать тирана. Но Иоанн, крепкий в добродетели и пылающий рвением, сказал: «О император, не дозволяй сего и не давай святыни псам
Поскольку Иоанн твердо правил городом, Гайна, желая добиться власти, не мог ничего сделать днем. Он послал своих варваров посреди ночи поджечь дворец. Тогда стало явным, как Иоанн хранил город, ибо варварам предстало многочисленное войско воплощенных ангелов, державших оружие, и тотчас изгнало их. Когда об этом сообщили Гайне, он весьма удивился, ибо знал, что все войска расположены в других городах. Он послал своих людей и на следующую ночь, но они снова были изгнаны ангельским видением. Наконец, сам Гайна, выйдя вперед, узрел видение и бежал, полагая, что воины посреди дня таятся, а ночью охраняют город. Тогда он отправился во Фракию, где собрал войска и стал разорять местность, устрашая всех варварской жестокостью. Император возложил на Иоанна святейшее бремя посольства. Тот же, не помня старой вражды, спешно отправился в путь. Гайна, зная надежность Иоанна, вспомнил о благочестии и сам издалека вышел ему навстречу, возложил на свои очи десницу Иоаннову и повелел своим сыновьям лобзать Иоанну святые колени. Ведь Иоанн был столь добродетелен, что мог смирять и устрашать самых ужасных людей.