Тогда старый купец нанял «известного в Москве адвоката» коллежского асессора Михаила Васильевича Аристова и начал кампанию по подаче прошений городскому полицмейстеру, генерал-губернатору и шефу Третьего отделения. Нужно отметить, что выражение «адвокат» применительно к Аристову употреблялось в деле Бутикова несколько раз, хотя оно производилось за семь лет до введения в Москве судебной реформы, официально создавшей в России адвокатуру. В своих прошениях Бутиков придерживался двух линий аргументации. Во-первых, он указывал на спорность долга Степана и на то, что полицейские пытались взыскать долг по обязательству, которое их собственное начальство уже объявило недействительным. Во-вторых, он подчеркивал, как грубо и беспардонно вел себя во время своего визита Шкинский, и упирал на ущерб, причиненный его (Бутикова) деловой репутации, а также на «бесчестье», которому он подвергся в «виду обывателей». Все жалобы Бутикова были изложены простым и ясным языком, характерным для высокопоставленных, хорошо образованных чиновников того времени, и полностью лишены вычурного юридического жаргона, остававшегося типичным для русской повседневной судебной практики и в 1860-х годах. Эти документы не обременяли своих высокопоставленных адресатов ссылками на какие-либо конкретные законы, но совершенно однозначно объясняли, каким именно образом были нарушены законные права Бутикова.
Жалоба Бутикова поступила к московскому генерал-губернатору Павлу Тучкову и была перенаправлена его помощнику Шимановскому, имевшему более высокий чин, чем пристав Пузанов. Расследование, произведенное Шимановским, поначалу не дало каких-либо удовлетворительных результатов. Шкинского и других полицейских защищал московский полицмейстер князь Кропоткин, и они изо всех сил старались избежать разговора с Шимановским, вместо этого устроив ожесточенную дискуссию о бюрократическом языке. Дело в том, что показания Бутикова поначалу были записаны при посредстве чиновника прокуратуры, который и надиктовал содержание протокола – несомненно, для того, чтобы обеспечить более внятное изложение событий. Один из сослуживцев Шкинского, Смирнов, тоже допрошенный Шимановским, полагал, что тем самым была проявлена пристрастность в пользу Бутикова, и отказался подписать протокол, приведя Шимановского в ярость. Контакты Шимановского с местной полицией примечательны как пример столкновения между «высокой» и «низкой» бюрократической культурой в период Великих реформ: первую представлял хорошо образованный помощник генерал-губернатора, а последнюю – неотесанные и не очень грамотные бывшие военные. Более того, этот конфликт указывает на сложившийся в ходе расследования неожиданный союз между купцом-раскольником и «просвещенными» царскими бюрократами, которым всего через несколько лет предстояло проводить реформы.
Полицейским удавалось тормозить расследование до апреля 1860 года, когда Шимановский получил еще одну жалобу на Пузанова, на этот раз от простого полицейского писаря по фамилии Никольский. Предлогом для подачи этой жалобы служила боязнь Никольского быть привлеченным к ответу, потому что его начальник Пузанов якобы велел ему сделать исправления в полицейском донесении с тем, чтобы выставить поведение Бутикова в неприглядном свете. Кроме того, Никольский утверждал, будто бы Пузанов: 1) незаконно задержал Бутикова в полицейской части; 2) потерял служебный аттестат Никольского; 3) беспричинно обыскал имущество Никольского; 4) освободил из-под ареста дворового крепостного своего брата, у которого были найдены поддельные банкноты, и 5) присвоил деньги, выделенные ему для перевозки арестантов.
Эти обвинения дали Шимановскому удобную возможность избавить московскую полицию от Пузанова. С тем чтобы продемонстрировать свою объективность, он устроил инспекцию всех полицейских частей, в большинстве из которых, включая возглавлявшуюся Пузановым, отсутствовала какая-нибудь необходимая документация, а в конторских книгах были обнаружены некоторые мелкие неточности. На вопрос о том, почему Пузанов допустил беспорядок в книгах, тот ответил, что недавно занимает свою должность и был ошеломлен лавиной чрезвычайных происшествий, случающихся в большом городе, таких как пожары, грабежи и находки мертвых тел на улицах. Когда же его спросили, почему такие повседневные вещи настолько его ошеломляют, он ответил, что ему, новичку на этой работе, любые мелкие происшествия кажутся чрезвычайными.