Свою организацию Абу Нидаль с начала 1970‑х гг. строил на жестокости и страхе. Ещё в багдадские годы многие её члены были по его приказу тайно устранены. Террорист был убеждён, что жестокость заставит врагов бояться и уважать его, а то, что жертвы были часто невиновны, его не заботило. Однако порой такие действия были контрпродуктивны. Так, арест и 18‑месячное содержание в тюрьме в ужасных условиях палестинского студента, ложно обвинённого в работе на Иорданию, побудили одного члена организации оставить её ряды. Из — за перманентной шпиономании самым распространённым обвинением в организации Абу Нидаля была измена — работа на враждебную службу. Под варварской пыткой большинство заключённых в ней признавались. Некоторые переносили пытки, и позднее оказывалось, что они невиновны. Однако обычно таких людей всё равно казнили, чтобы сведения о применяемых в организации методах не просочились наружу. Правда, и тех, что просочились, хватило. Если тюрьмы бывали переполнены, а комитет справедливости ожидал от руководителя подтверждения смертного приговора, заключённого иногда клали в выкопанную могилу и заживо засыпали землёй. Вложенная в его рот стальная трубка торчала из земли и позволяла ему дышать. Время от времени в трубку лили воду, чтобы не дать узнику умереть. Когда из Ливии приходило подтверждение, сквозь трубку стреляли, её вынимали и дырку заполняли землёй.
Когда в 1989 г. из организации сбежал Абд — ур — Рахман Иса, он публично заявил, что 17 лет ему лгали: казнить людей ему приходилось на основании пустой папки. (Абу Нидаль вызывал его, заявлял, что такой — то член организации — подозреваемый, и клал на стол папку, но не открывал её; не открывал её и Иса, так как верил руководителю на слово.) Однако, молчаливо соглашаясь на такие методы, подобные Исе люди подписывали смертный приговор и себе. Вскоре он сделался мишенью сам.