Намерение супруга реализовала его вдова: под предлогом того, что внимание Синода приковано к управлению вотчинами в ущерб чисто церковным заботам, Манифест разделил его на два департамента по шесть человек в каждом, причем первый департамент состоял исключительно из духовных иерархов, а второй — из светских чинов. Должность первого департамента состояла в том, чтобы «управлять всякие духовные дела Всероссийской церкви и содержать в добром порядке и благочинии духовных, тако ж типографиею». На попечение второго департамента передавалось все, что относится к экономии, а также суд и расправа. Практически два департамента были двумя изолированными друг от друга учреждениями, выполнявшими несхожие обязанности. Первый департамент долгое время оставался неизменным, в то время как второй менял и название, и подчиненность: вскоре после реформы 1726 года он стал называться Коллегией экономии, а в апреле 1738 года ее подчинили Сенату под тем предлогом, что «в оной Коллегии состоят сборы и другие экономические дела», подлежащие ведению Сената, а не Синода.
До секуляризации оставалось сделать один шаг, но совершить его, как это нередко бывает в истории, помешал слепой случай. В марте 1740 года президент Коллегии экономии сенатор граф Платон Иванович Мусин-Пушкин подал императрице Анне Иоанновне записку, обвинявшую духовенство во множестве грехов: алчности, административной несостоятельности в управлении вотчинами, игнорировании интересов государства, в результате чего накопилась недоимка в 100 тысяч рублей. Автор записки предлагал монастырские и епархиальные власти отрешить от управления вотчинами и передать их светским чинам, назначаемым Коллегией экономии. Императрица наложила резолюцию: «Учинить по сему представлению».
Претворить в жизнь резолюцию не удалось: инициатор реформы П. И. Мусин-Пушкин попал в немилость и был отстранен от должности, ибо оказался причастным к кружку А. П. Волынского. Спустя полгода после вынесения резолюции скончалась и императрица. Дело заглохло.
Со вступлением на престол Елизаветы Петровны духовные власти воспрянули духом и, зная набожность императрицы, не ошиблись в своих надеждах. Со всех сторон раздавались жалобы на притеснения, которые им пришлось терпеть во времена бироновщины. Ректор Московской духовной академии Кирилл Флоринский заявил: «Доселе дремахом, а ныне увидохом, что Остерман и Миних с своим сонмищем влезли в Россию, яко эмиссарии дьявольские… и дражайшее всего в России, правоверие и благочестие не точию превратят, но и до корня истребят». Новгородский архиепископ Амвросий с кафедры развивал ту же мысль: Елизавета «преславная победительница избавила Россию от врагов внутренних и сокровенных. Такие то все были враги наши, которые под видом будто верности отечество наше разоряли… Под образом будто хранения чести и здравия и интереса государства, о коль бесчисленное множество, коль многие тысячи людей благочестивых, верных, добросовестных, невинных, Бога и государство весьма любящих в Тайную (канцелярию. —
Архиепископ Дмитрий (Сеченов) в 1742 году в присутствии императрицы заявил в проповеди, что со времени смерти Петра Великого и Екатерины находившиеся у власти недруги «прибрали все отчество наше в руки, великий яд злобы на верных чад российских отрыгнули, коликое гонение на церковь Христову и на благочестивую веру воздвигли».
Подобные заявления находили у благочестивой императрицы угодный для духовенства отклик. Один за другим последовали указы о предоставлении белому духовенству льгот, освобождение их дворов от постоев воинских команд; освобождение от несения караульной службы по ночам; освобождение от необходимости участвовать в тушении пожаров; освобождение от наказания священнослужителей и монахов за ложный донос по «слову и делу». В знак особого уважения к Троице-Сергиеву монастырю он в 1744 году именным указом был переименован в Троице-Сергиеву лавру. Изменение названия одной из Древнейших обителей сопровождалось предоставлением ей ряда существенных льгот. Так, лавра освобождалась от уплаты пошлин за покупаемые на Украине три тысячи ведер вина в год, от уплаты налогов за принадлежавшие ей мельницы, а ее подворья в Москве и Петербурге — от постоев воинских команд и др.
Особое попечение о духовенстве императрица выказала в изустном указе, объявленном Синоду 27 мая 1743 года Троицким архимандритом Кириллом Флоринским: «Ежели какие о делах синодальных доклады быть имеют к подаче ее императорскому величеству от Святейшего Синода, то отправлять оные с синодальными членами».
Набожность императрицы усиливали еще два лица из ее окружения: ее духовный отец протоиерей Федор Дубянский, пользовавшийся огромным на нее влиянием, и фаворит А. Г. Разумовский, проникшийся глубоким уважением к духовенству, поскольку в детские и юношеские годы приютивший его дьячок помог ему овладеть грамотой, нотным пением и тем помог ему войти «в случай».