Подобная обстановка отнюдь не содействовала развитию секуляризационного процесса. После вступления на престол Елизаветы Петровны Синод добивается ликвидации Коллегии экономии и создания вместо нее Канцелярии синодального экономического правления. Дело здесь не в смене вывесок, а в существенном сужении прав нового учреждения. Канцелярия лишилась самостоятельности, которой располагала Коллегия экономии, и превратилась в придаток Синода. Новое положение Канцелярии определялось и ее составом, укомплектованным духовными лицами.
Синоду, однако, и при Елизавете Петровне не удалось стать полновластным и бесконтрольным хозяином вотчин. Тому мешал назначенный императрицей обер-прокурором Синода князь Яков Петрович Шаховской. Манера деятельности Шаховского оказалась сродни деятельности первого генерал-прокурора Сената Павла Ивановича Ягужинского. Оба они прониклись идеями служения государству и неукоснительного соблюдения его интересов, оба добились уважения к своей должности и блюли ее престиж, оба не опасались вступить в единоборство с сильными персонами, если те покушались на интересы казны. Словом, энергичный и неустрашимый Шаховской выполнял в Синоде такие же функции «ока государева», какие в свое время выполнял в Сенате Ягужинский. В этой связи отметим одну существенную особенность условий деятельности Шаховского: на Ягужинского, пользовавшегося полным доверием императора, по чьей инициативе была учреждена должность генерал-прокурора, Сенат не осмеливался жаловаться. На Шаховского Синод, осведомленный о набожности императрицы и ее фаворита и имевший к ней доступ, получил право подавать жалобы, просить о его отставке. В своих знаменитых «Записках» князь Шаховской красноречиво описал столкновения с Синодом, объективно отражавшие борьбу светской власти с духовной за церковное землевладение.
Чиновники Синода встретили появление обер-прокурора в конце 1741 года «почтительно», а члены Синода — даже «ласково». Вскоре те и другие обнаружили в обер-прокуроре служебное рвение, нарушавшее их спокойную и безмятежную жизнь. По мере того как Шаховской глубже вникал в суть синодских дел, росли его претензии к членам Синода, вызывавшие конфликтные ситуации. Первая из них связана со стремлением обер-прокурора сделать вычет у членов Синода, ухитрившихся в нарушение указов получать наряду с жалованьем из казны денежные суммы от епархий и монастырей. Императрица поддержала законность действий Шаховского, и, по его подсчетам, эти действия сэкономили казне более 100 тысяч рублей.
Члены Синода отплатили обер-прокурору взаимностью: перестали выдавать ему жалованье из синодальных доходов на том основании, что они не имеют на этот счет точного указа. Шаховской пожаловался императрице. Судьба жалобы высвечивает, с одной стороны, стремление ущемить интересы строптивого обер-прокурора, а с другой — присущее императрице беспечное отношение к делам. Истекло четыре месяца, а жалоба оставалась без ответа. Во время очередной встречи, а они происходили довольно часто, Елизавета заявила: «Я виновата, все позабываю о твоем жалованье приказать». Спустя два месяца императрица, встретившись с Шаховским, опять сказала: «Вот я забыла о вашем жалованье». На этот раз вопрос был решен на месте: она позвала сенатского обер-секретаря и велела ему объявить Синоду, чтобы тот без задержки платил жалованье Шаховскому.
Еще один конфликт возник в связи с попыткой членов Синода замять безнравственный поступок одного архимандрита, застигнутого с грешницей в бане и доставленного крестьянами в Синод. Началось следствие. Поначалу монах «чистосердечно в том во всем в сходственность, как на него те крестьяне и девка, с одной постели с ним взятая, показали, признался и, повергая себя на землю, в чувствительном о том сожалении и раскаянии являясь, просил Божеского помилования».
Синодалы решили уговорить обер-прокурора «об оном монахе дело уничтожить и приличным образом скрыть от большого разглашения». Яков Петрович наотрез отказался выполнить их просьбу. Тогда они прибегли к коварному и безнравственному способу выручить из беды виновника и одновременно отомстить обер-прокурору за его упрямство: они научили архимандрита отказаться от первоначальных показаний. Призванный на повторный допрос в Синод, он объявил, что во время первого допроса признал себя виновным, находясь в крайнем «духа своего смятении… винился в грехопадении с какою-то девкой, с коею де злодеи мои крестьяне невинно меня ополичили и поругательно с нею чрез всю Москву в Святейший Синод везли». Синодалам показалось убедительным заявление обвиняемого о том, что он признание вины совершил «в смятении и в исступлении ума», и они сочли возможным закрыть дело, но обер-прокурор заявил протест. Члены Синода, однако, «нашли способы ее величеству внушить и о своей по тому делу чувствительности, что оным размышлением теперь всенародное посмеяние всему их сану происходит, так что, когда из оных кто по улице едет, то нарочно пальцами указывают».