В июне 1941 года, когда началась новая война, в Ухте был образован истребительный батальон из непризванных в армию местных жителей, главным образом юношей и девушек. Этот батальон занимался эвакуацией населения из Ухты, вывозом наиболее ценного имущества и охранной службой. Пекка Пертту был назначен начальником штаба, хотя никакого военного образования не имел.
Когда выпал снег, под руководством Пекки Пертту начались лыжные тренировки. Служивший в этом же батальоне Яакко Ругоев вспоминал такую его команду: «А теперь, юноши и девушки, все за мной по лыжне — марш, марш!»
В самом начале 1942 года большая часть истребительного баталона была зачислена в отряд «Красный партизан», состоявший в основном из карел. Отряд совершал диверсионные рейды по тылам финнов. Пекка Пертту очень реалистично рассказал об этих рейдах в повести «Двое вспоминают войну» (напечатана в книге «Вехи» в 1977 году). Здоровый, натренированный, он легко переносил тяготы походов. Осенью 1943 года его ранило в Письмогубе. «Нас поливали с самолета. Пуля попала в бедро и застряла в кости. О моей ране сказали, что это легкое ранение, потому что даже кость не раздроблена». Сначала Пекка лежал в полевом лазарете, затем лечился в госпитале в Кеми. При транспортировке раненых в Кемь случилась авария, которая могла иметь самые печальные последствия. «Вообще-то я должен когда-нибудь об этом написать, — сказал Пекка. — Нас, неходячих раненых, был полный автобус. Около Шомбы машина вдруг опрокинулась. Я потерял сознание, а когда очнулся, увидел, что лежу на носилках на дороге, а колеса автобуса торчат кверху. Боже мой! Еще в полевом лазарете я был настолько беспомощен, что на другой бок не мог повернуться, меня поворачивали. На спине образовались пролежни. Да и потеря крови была слишком большая. А после аварии и в кемском госпитале три месяца пролежал не двигаясь. И хотя в меня влили немало крови, восполнить потерю долго не удавалось. Но я все же окреп настолько, что можно было оперировать. После этого я начал понемногу оживать. Стуча костылями, я стал носиться как лось по коридорам госпиталя. Потом начальство узнало, что я увлекался рисованием и даже школьников учил рисовать, и поручило мне зарисовывать раны, переломы костей и прочее тому подобное. Меня хотели оставить при госпитале, чтобы я занимался этим и впредь, но мне хотелось вернуться в отряд. Из отряда меня направили в Москву на шестимесячные курсы минеров. Так я стал минером в своем отряде. К сожалению, не всем минерам везло, ведь минер, говорят, ошибается только один раз. Но мне повезло. Воспоминаниями о том, как работается минеру на минном поле, я поделился в рассказе «Сумерки», который опубликован в моем последнем сборнике. Впрочем, я не очень-то увлекаюсь описаниями войны; один из ранних рассказов — «Долгие ночи», можно сказать, исключение. С гораздо большим удовольствием я пишу хотя бы о конопляном семечке!»
В мае 1944 года минер Петр Алексеевич Пертту был отозван с фронта и направлен литературным сотрудником в редакцию газеты «Тотуус». В то время редакция находилась в Беломорске, но скоро переехала в Петрозаводск. Пекка работал в газете до 1950 года. Потом его приняли в Литературный институт имени Горького в Москве. Здесь его главным учителем был известный писатель Константин Паустовский, добрые советы которого он и поныне вспоминает с благодарностью.
Из Москвы Пекка вернулся в Петрозаводск в 1955 году. Теперь полем его деятельности стал Союз писателей Карелии и редакция журнала «Пуналиппу», где на него были возложены обязанности ответственного секретаря и заведующего отделом прозы. В качестве литературного консультанта он по-братски делился опытом и знаниями с начинающими писателями. На свои писания оставалось не так уж много времени, особенно на первых порах. Но после того как на руинах родительского дома Пекка поставил в Салменкорве летний домик, начали появляться и результаты его литературного труда.
Результаты творчества у Пертту не слишком обильны. Его первая книга «Залом» появилась в 1957 году, в нее вошли одноименная повесть и рассказ «Летние ночи». Следующий сборник рассказов «Быль о соснах» вышел в 1964 году. Две повести «Клад» и «Рийко Марттинен» изданы отдельной книгой в 1970 году. Уже в этих книгах сильно звучит голос писателя в защиту природы.
В 1973 году издательство «Карелия» выпустило книгу «Глазами природы», содержащую 24 рассказа и очерка о природе. Основу книги составили очерки, которые Пекка Пертту ежемесячно публиковал в газете «Неувосто-Карьяла» в 1970 году, объявленном Международным годом охраны природы. В целом книга написана с глубоким знанием предмета, и автор твердо высказывает свое мнение по многим актуальным экологическим проблемам, особенно в той части, которая озаглавлена «Забота о завтрашнем дне»,