Šis māceklis ne tikai kā nepiederēja pie divpadsmit apustuļu saimes, bet vispār daudzējādā ziņā no tiem atšķīrās. Vispirms mēs varam secināt, ka viņš bijis turīgs Jeruzalemes pilsonis. Kā augstā priestera paziņa (Jāņa ev., 18:15) viņš pils pagalmā varējis ievest Pēteri, kuru durvju sargs pirms tam nav gribējis ielaist. Efesas bīskaps Polikrats (2. gs. beigas) apgalvo, ka Jānis, Jēzus mīļotais māceklis, bijis ebreju priesteris un ka viņš apbedīts Efesā. Jāņa evaņģēlija 21. nodaļā lasām, ka tieši šis māceklis, kuru Jēzus iemīļojis, «šo visu ir uzrakstījis» un ka «viņa liecība ir patiesa» (21:24). Diemžēl 21. nodaļa ir vēlāks iespraudums, ko droši vien izdarījis kāds no evaņģēlija redaktoriem, tāpēc tās pierādījuma spēks ir visai apšaubāms.
Tēze, ka ceturtā evaņģēlija autors esot Jēzus mīļotais māceklis, ticīgajiem ir visai pievilcīga, jo šādā gadījumā to būtu uzrakstījis viens no Jēzum vistuvākajiem cilvēkiem, tātad notikumu aculiecinieks, un tādēļ šo evaņģēliju varētu uzskatīt par ļoti vērtīgu vēstures dokumentu. Diemžēl šī tēze balstās uz ļodzīga pamata, jo viss, kas tiek minēts tās labā, nav nekas cits kā ticīgu ļaužu vēlmēm atbilstoša izdoma.
Šo apsvērumu pēc vairums neatkarīgo Bībeles pētnieku ir interesējušies par vēl vienu Jāni kā iespējamo evaņģēlija autoru. Runa ir par Jāni Prezbiteri, kurš bijis Efesas patriarhs un dzīvojis 1. un 2. gadsimtu mijā. Par viņu uzzinām no piezīmes Eisebija «Baznīcas vēsturē», bet Eisebijs savukārt šo ziņu smēlis no zudumā gājušiem Papija rakstiem. Jānis Prezbiteris bijis gudrs cilvēks un grieķu filozofijas pazinējs, tātad viņam bijušas visas dotības, lai uzrakstītu tādu darbu, kāds ir ceturtais evaņģēlijs.
Taču arī šajā gadījumā visi slēdzieni dibinās uz pavisam īsu, turklāt no cita autora aizgūtu piezīmi. Tāpēc izvirzītas vēl divas teorijas. Pirmā no tām nosaukta par divu autoru teoriju. Tās piekritēji apgalvo, ka evaņģēlija autors bijis Jānis Prezbiteris, tikai viņš savai apdarei izmantojis apustuļa Jāņa vai- arī Jēzus mīļotā mācekļa Jāņa atmiņu materiālus. Šīs tēzes atbalstīšanai starp citu tiek citēts Eisebijs, kurš apgalvo, ka Efesā esot apbedīti divi Jāņi.
Visinteresantākais un patiesībai tuvāk stāvošais liekas uzskāls, ka ceturtais evaņģēlijs ir kompilācija un sastāv no dažādiem materiāliem, kurus apkopojuši redaktori, kas pieminētajā 21. nodaļā nosauc paši sevi. Šā uzskata aizstāvji aizrāda, ka tekstā skaidri saskatāmas kompilācijas pēdas. Piemēram, mēs evaņģēlijā sastopamies ar pārsteidzošām pretrunām: vietumis tajā jaužams filose- mītisms, bet citur atkal — nepārprotams antisemītisms. Virkne ainu un tēlu, kuri nav atrodami pārējos evaņģēlijos, piemēram, sastapšanās ar netikli, kāju mazgāšana, Lācara uzmodināšana no miroņiem, mīklainais farizeja un «jūdu valdības vīra» Nikodēma tēls, var noderēt par pierādījumu tam, ka tradicionālā Jēzus biogrāfija šeit papildināta ar citiem, vietējiem, tikai Efesā sastopamiem nostāstiem.
Viens no tādiem komponentiem neapšaubāmi ir pēdējā nodaļa, kura atšķiras no pārējā teksta kā pēc stila, tā arī valodas. To vēlāk evaņģēlijam piekabinājuši nezināmi redaktori. Tāpat arī prologs rada aizdomas, ka tas sākotnēji bijis atsevišķs literārs darbs. Stila ziņā tas uzrakstīts kā himna Jēzum, pasaules dievišķīgajam «logo- sam» un gaismas avotam, un, pēc dažu pētnieku domām, atgādina to himnu, par kuru savā ziņojumā ķeizaram Trajānam raksta Bitīnijas vietvaldis Plīnijs Jaunākais. Par šo himnu mēs jau ieminējāmies 1. nodaļā. Plīnijs ziņo, ka viņam padotajos Mazāzijas apvidos kristieši sapulcējoties rītausmas laikā un dziedot kaut kādu himnu Jēzum Kristum, kuru viņi godājot kā dievu. Tā kā ceturtais evaņģēlijs radies Efesā, tātad arī Mazāzijā, ir pilnīgi iespējams, ka evaņģēlija autors vai autori ir zinājuši šo himnu un izmantojuši to par prologu, protams, attiecīgi apstrādājot un piešķirot tam doktrinālu jēgu.
No visa sacītā secināms, ka mēģinājumi noskaidrot, kas ir evaņģēlija autors, uzskatāmi par bezcerīgiem. Droši vien mēs nekad neizzināsim tā īsto autoru. Mīklas atminējums varbūt slēpjas Efesas drupās, jo pašas pilsētas jau sen vairs nav. Tās vietā palikuši tikai pauguri, ko samēzuši mainīgo un vētraino vēsturisko likteņu negaisi. Šajos skumjajos gruvešos jau atrakti vecie pilsētas mūri un celtņu drupas no grieķu, romiešu, Bizantijas, kā arī krusta karu un muhamedāņu iebrukuma laikiem. Atrastas slavenā Artemīdas tempļa atliekas uA gigantiskas korintiešu kolonnas, kas reiz rotājušas Ķibeles un Serapīda tempļus. Kāda pakalna virsotnē, kas paceļas pāri visai apkārtnei, rēgojas krustnešu uzceltā cietokšņa sagrautie mūri, bet turpat blakus skatāmi Jāņa baznīcas atraktie pamati. Tautas teiksmas stāsta, ka vēl līdz šai dienai tur esot apslēpts apustuļa kaps. Bet varbūt tieši šajā kristiešu svētnīcā atrodas abi tie kapi, kurus piemin Eisebijs?
Jautājumu vēl vairāk sarežģī tas, ka aiī Smirna ir pārliecināta, ka tieši tās robežās esot evaņģēlista Jāņa kaps.