Если Марбургская школа неокантианства занималась, прежде всего, логическим обоснованием математики и точных математизированных естественных наук, если для нее научное познание есть последовательное развитие проблем, имеющих логическую природу, то Баденская школа главное внимание уделяла проблемам культуры, методологии исторических наук; неокантианцы Баденской школы являются основоположниками философской теории ценностей. Предметом философии как нормативного учения, согласно Баденской школе, являются ценности. Если частные науки изучают данное, бытие, то философия исследует не то, что есть, а то, что должно быть, т.е. должное, ценности, идеалы. Причем философия рассматривает оценки, утверждающие ценности как норму, должное в абсолютном смысле, и потому ценности не зависят от субъекта, человека, бытия; они не могут быть субъективными, хотя и переживаются, осознаются субъектом, их статус определяется ими самими и не нуждается в каком-либо внешнем определении, наоборот, все остальное, фактическое находит свое основание в них. Соответственно, всякое эмпирическое субъективное сознание также находит свое оправдание в совокупности абсолютных норм и ценностей.
Таким образом, мир состоит из существующей действительности и ценностей, царства трансцендентного смысла. Баденцы утверждали, что наряду с понятием бытия, кроме "нечто" в качестве второго обширного понятия существующего стоит понятие ценности. Ценности нельзя отнести ни к области объектов, ни к области субъектов; они находятся по ту сторону субъекта и объекта, образуя самостоятельное царство, трансцендентное по отношению к бытию. Трансцендентная природа ценностей находит свое выражение также в противостоянии данного царства сфере бытия; это противопоставление действительности и ценности проявляется в противоположности сущего и должного. Если бытие реально существует в виде эмпирических объектов, то ценности как нормы абсолютного долженствования, не существуя в эмпирической форме, имеют значение и придают значение данности, фактам, а также человеческим поступкам, в которых в силу этого проявляется индивидуальная свобода личности. Отсюда важнейшей проблемой философии, по Риккерту, является проблема противоречия между царством бытия и царством ценностей, решить которую не может не только философия, но даже религия. Смысл и бытие, ценность и действительность, трансцендентное и имманентное логически исключают друг друга. Единство обоих царств является фактом, но оно "остается вечной загадкой, чудом, которое выше всякого разумения".
Итак, ценности с точки зрения неокантианцев Баденской школы образуют принцип, основание бытия, познания, человеческой деятельности в целом; царство трансцендентного смысла, долженствования обращено своими императивами и к бытию, и к человеческому познанию. Главным предметом философского исследования являются ценности, утверждают представители Баденской школы. Предметами же специальных наук являются те или иные проблемы бытия, касающиеся только частей действительности. В этом состоит принципиальное различие философии и науки; философия направлена на познание мира как целого, в единстве сущего и должного, а специальные науки имеют в качестве познавательной задачи исследование частей бытия, получающее свое основание в сфере должного. Баденская школа, как и Марбургская, обосновывает невозможность кантовской "вещи в себе", а также утверждает принцип конструирования объектов силой познания так, что объекты, на которые направлен познавательный процесс, есть не что иное, как содержание сознания, результат его творческой деятельности; по словам Риккерта, бытие всякой действительности должно рассматриваться как бытие в сознании.
Имманентность предметов познания сознанию означает, что они не отделены от сознания ни пространственно, ни каким-либо иным способом, поэтому сознание не может быть копией, отражением познаваемых объектов. Познание не может быть отражением также в силу многообразия данного, неисчерпаемости действительности. Научные понятия представляют только некоторые стороны, свойства предмета, выделенные абстрагирующей деятельностью сознания, которая подчиняется сформированной в той или иной науке определенной точке зрения, целевой установке. В силу этого научное познание не есть отражение, копирование, а есть познание, преобразующее, упрощающее действительность. Через такого рода упрощение, преодоление многообразия действительности наука в своих понятиях фиксирует только существенные свойства и стороны предметного мира, производя отбор своих понятий с точки зрения познавательного интереса той или иной науки. Иными словами, обосновывается телеологический принцип образования научных понятий, их соответствие целям, целевым задачам науки.