Значительная часть пленарных заседаний Думы была посвящена процедурным вопросам. В печати раздались даже голоса, что депутаты ударились в крючкотворство, превратили все в «говорильню», а надобно дела делать. Отчасти это было верно, в Думе шла открытая конфронтация с исполнительной властью, пожиравшей много времени и сил. Но Первая Дума, и это ее заслуга, выработала внутренний распорядок (Наказ), образовав в этих целях специальную комиссию, работавшую под руководством Муромцева, а затем во Второй Думе В. А. Маклакова, процедурно-правовая работа привела к образованию Совещания Думы в составе ее председателя, секретаря, их замов. Число замов определилось самой Думой с учетом интересов крупнейших партий. Право представлять Думу перед главой государства, правительства имел председатель. Законопроекты, поступающие из министерств, предварительно рассматривались на Совещании Думы, выносившем заключение о порядке дальнейшего обсуждения. Как правило, законопроекты передавались на рассмотрение одной из думских комиссий. Они были определены во время Первой Думы и в дальнейшем пополнялись. Комиссии формировались на пленарных заседаниях, их состав отражал многофракционность Думы. Каждая партийная фракция посылала в комиссию своих представителей. Для заседания комиссии и принятия решения необходимо было присутствие не менее трети ее членов.
Комиссии были постоянные и специальные. В Первой Думе действовали следующие постоянные комиссии: распорядительная, финансовая (из 33 членов) — для предварительного рассмотрения дел по финансовому законодательству; бюджетная (в составе 33 членов) — для утверждения государственной росписи доходов и расходов; комиссия по исполнению и контролю за государственным бюджетом, действующая «в единении» с государственным контролером; редакционная комиссия — для окончательного изложения текста законов, принятых Думой; комиссия по разбору корреспонденции, получаемой на имя Думы; библиотечная комиссия.
Первая Дума образовала также ряд специальных комиссий, как то: комиссию по выработке Наказа (комиссия 19-ти), комиссия по выработке закона о неприкосновенности личности (комиссия 15-ти, образована 15 мая 1906 г.), комиссия по помощи голодающему населению, комиссия по подготовке закона о гражданском равноправии, аграрная комиссия (комиссия 99-ти — по числу ее членов, созданная 5 июня 1906 г.), комиссия 33-х — по разработке законопроектов о незаконных действиях должностных лиц. Наконец, была комиссия по приему здания Таврического дворца Государственной Думой от дворцового ведомства.
Была также особая комиссия для рассмотрения разногласий, возникающих между Государственным Советом и Государственной Думой. На второй сессии была образована дополнительно комиссия по личному составу. Была также специальная комиссия по выработке проекта всеподданнейшего адреса государю императору.
В комиссиях были представлены все партийные направления. Комиссии созывались старшим членом ее, не позднее трех дней после ее выборов. На первом заседании комиссии должно было присутствовать не менее половины членов. На дальнейших заседаниях было достаточно одной трети для работы.
Сама Дума работала в общем собрании и по четырем отделам при проверке итогов выборов. Разделение депутатов по отделам происходило по жребию.
Дума избирала председателя, двух его заместителей (товарищей), секретаря и до пяти товарищей секретаря. Эти лица образовывали Президиум Думы (Совещание). Совещание избиралось всей Думой, а не партиями или фракциями и являлось ответственным органом Думы. Оно могло по собственной инициативе привлекать к своей работе представителей фракций. Совещание составляло план работы сессии, определяло список и очередность выступления ораторов. К председателю Думы и Совещанию обращались официально члены правительства.
Для общего собрания требовалось присутствие не менее одной трети списочного состава Думы. На заседании отдела — не менее половины состава.
Первая сессия каждой Думы традиционно начиналась с заслушивания правительственной декларации.
Две комиссии — по разбору корреспонденции и распорядительная — выбирались отделами. Другие обязательные комиссии выбирались на общем собрании Думы.
Первой Думой была начата под руководством Муромцева успешная работа по подготовке Наказа, или Регламента Думы. Этот документ был завершен в разработке под руководством В. А. Маклакова во Второй Думе. На его основе работали все Думы до революции1
.Особо следует остановиться на процедуре законодательной работы. Процедура работы Думы наглядно демонстрирует начала такой организации законопроектной деятельности, которая основана на противопоставлении ветвей власти.
Традиции и опыт Первой Думы позволяли не рассматривать проекты, представленные правительством, а как бы заново разрабатывать на основе представленных правительством законопроектов (которые рассматривались как «материалы») свой собственный вариант проекта закона.
Дума поручала комиссии подготовить на основе представленных партийных и правительственных «материалов» проект закона.