Первая Дума даже подготовила проект изменения двух статей (55 и 56) Учреждений Государственной Думы о закреплении такого порядка. Предложение осталось в проекте. Но порядок такой оказался «язвой думской работы», по словам В. А. Маклакова. Вторая Дума этот проект уже не поддерживала.
Другая проблема была связана с установлением передачи проекта в комиссию без прений или с открытием прений «по направлению». Это приводило к бесплодным словесным баталиям, затяжке времени. По новому Наказу, принятому в мае 1907 г., прения по «направлениям», ограниченным двумя выступлениями, были запрещены. Цель — сократить агитационную партийную трибуну Думы.
Так называемые «вермишельные», маловажные, проекты были сосредоточены в одной комиссии законодательных предложений.
Специальной процедуры, касающейся проектов и предложений в порядке законодательной инициативы депутатов, не было. К ним серьезно не относились и на основе доклада секретаря Думы передавали в Комиссии как «материал», который отлеживался годами.
Поиск режима «разумной работы», стремление «беречь Думу» от ее собственного красноречия стоял на повестке дня всех Дум.
Заслуживают внимания процедуры, связанные с реализацией особого положения Думы по отношению к законам, принятым правительством самостоятельно и относительно Государственного Совета как верхней палаты. Речь об одобрении уже принятых и действующих законов правительством в период между сессиями Думы.
Процедуры могли использоваться как во благо: для реализации авторитета Думы, если она не одобрит принятые акты, внесет поправки, которые затянут вступление акта в действие; потребует доработки на уровне правительства, с тем чтобы навязать свои поправки Государственному Совету, которые бы затормозили закон или его нейтрализовали (если он поправок Думы не принимал, то рисковал, что весь закон провалится); так и в ущерб Думе. Последнее было связано с принятием поправок к закону самой Думой. В этом случае Дума передавала как законченный на ее уровне закон и он мог затягиваться уже на уровне Госсовета, где Дума не могла проявить своего влияния.
В этом последнем случае Дума должна была отвергать, предотвращать переход к постатейному чтению и использовать переход к поправкам от правительства. После этого проект вносился снова в общем порядке.
Процедура рассмотрения правительственного закона в Думе в целях его одобрения использовалась и самим правительством. Это касалось тех законов или отдельных положений законов, которые правительство уже не устраивали. Отказ от таких актов через Думу мог использоваться правительством специально. Это давало возможность правительству принимать декларативно такие законы, которые в силу своей намеренной несостоятельности отвергались Думой. В этих случаях Дума выглядела в общественном мнении виновной.
Правовое преимущество Думы над второй палатой реализовалось через процедуры навязывания Госсовету таких поправок к проекту, на которые он в обычное время мог не пойти. Отклонение таких поправок могло привести к полному отвержению закона и в том случае, когда он уже действовал несколько лет. Первая Дума ставила вопрос об упразднении Госсовета.
Особое положение складывалось и относительно «временных законов», принимаемых правительством. Дума могла их не рассматривать, так как срок их действия не определялся. Рассмотрение временного закона в Думе превращало бы его в постоянный, этим тоже манипулировали обе стороны.
Важным средством контрольных функций Думы являлся институт запроса. Первая Дума за 70 дней сделала около трехсот запросов. Однако запрос в ситуации, когда министры всецело зависели от воли государя, использовался не как средство к их отставке, а как средство привлечь внимание общественности к обсуждению той или иной стороны государственной деятельности и обязывал правительство отвечать на запрос публично. Количеством необдуманных запросов Первая Дума «погубила» себя. Во Второй и последующих пользовались запросом более осмотрительно. Фильтром стали Комиссия по запросам и Комиссия по Наказу. Считается, что Вторая Дума вернула запрос на конституционную почву. Вместо 300 в Первой Думе, во Второй было только тридцать, и они были более основательны. Первая Дума выразила даже недоверие кабинету Горемыкина, потребовав создания министерства, ответственного перед Думой, но вотум недоверия Думы не повлиял на судьбу правительства.