Благодаря Думе были увеличены государственные дотации земствам на строительство и содержание школ. Значительно расширена сеть народных школ и училищ, открыты новые учительские семинарии. Если в 1906 г. в стране было 7 тысяч школ (4 млн учащихся), то к 1915 г. школ было 122 тысячи, а число учащихся удвоилось. Этот успех был обеспечен Думой. Смета Министерства народного просвещения за пять лет существования Третьей Думы была удвоена. Законопроект представлен был в Думу министром просвещения 1 ноября 1907 г. (общие затраты на его реализацию определились в 360 млн рублей), был принят Думой и передан в Госсовет в феврале 1911 г. и отклонен 5 июня 1912 г. (спор возник из-за церковно-приходских школ). В урезанном виде (закон о высших народных училищах) реформа все же прошла. Дума одобрила эту часть (средняя школа) в ноябре, а царь утвердил 25 июня 1912 г.
В начале 1911 г., вопреки возражениям министра финансов, был принят и финансовый план всеобщего обучения. Каждый год, в течение десяти лет, к смете должно было прибавляться по десяти миллионов, и к началу 1920-х гг. материальная база для достижения всеобщей грамотности должна была быть готова. Что касается организации народной школы, то она передавалась в ведение земства. Идея непрерывности школы, то есть связи начального образования со средним и высшим, осуществлялась созданием высших народных училищ по положению, принятому Думой. В местностях, где преобладало инородческое население, допускалось расширение курса обучения на четыре года — на родном языке учащихся.
Важное место в деле реформ в области просвещения, особенно в плане подготовки педагогических кадров, отводилось университетам. «Историческая» власть то соглашалась на введение университетской автономии, то открыто отменяла ее или сводила на нет.
Внесенный в Думу в 1910 г. законопроект о новом Университетском уставе был одобрен Думой 12 мая 1910 г. Однако новый министр просвещения («затемнения», как его именовала пресса), печально известный Л. А. Кассо, взял закон обратно. Студенчество — этот «барометр общественного настроения» (Н. И. Пирогов) — ответило возмущением, сходками протеста, а правительство новыми репрессиями. Бесцеремонное вторжение «полицейщины» в университетскую жизнь привело к отставке более ста преподавателей Московского университета. На их место Кассо назначил «благонадежных». Подобные же события произошли и в других университетах (Киевском, Томском).
Кассо вторгся и в работу средней школы, фактически упразднив в гимназиях родительские комитеты — служившие средством связи школы с общественностью. Право на поступление в университет, вопреки пожеланиям Думы, было оставлено только выпускникам гимназий. Иными словами, генеральная идея Думского большинства (левоцентристского) о создании единой системы образования всемерно искажалась правительством. Поставить под свой контроль Минпрос Дума так и не смогла.
Примером пагубных последствий несогласованности, соперничества палат как между собою, так и с правительством, императором является спор церковно-приходских школ и духовных семинарий.
В плане реализации общего плана введения всеобщей грамотности была предусмотрена реформа церковного образования. Дума настаивала на преобразовании духовных семинарий в светские прогимназии с правом поступления выпускников в университеты. Церковно-приходские школы в этом случае преобразовывались в народные, чтобы последовательно, во всех звеньях низшего, среднего и высшего образования провести идеи многоступенчатости образования, создать единую систему. Священный синод настаивал на сохранении контроля церкви за приходскими школами и сохранения конфессиональности семинарий. В последних имели право обучаться лишь дети священнослужителей, и по окончании выпускники обязательно шли в духовную семинарию. Право поступления семинариста в университет давалось только в исключительном случае по особому решению епископата.
Государственная Дума, по мнению Священного синода, не должна была вмешиваться в дела духовных школ, однако она была обязана выделять на их содержание средства из государственного бюджета. Депутаты оспорили это решение Священного синода (оно было поддержано в Госсовете). В спор вмешался император и в прощальном обращении к Третьей Думе, завершавшей свою работу по истечении полномочий, сказал: «Меня чрезвычайно огорчило ваше отрицательное отношение к близкому моему сердцу делу церковно-приходских школ». На следующий день Дума собралась на последнее заседание. Когда вопрос о кредитовании церковно-приходских школ из Госбюджета был поставлен на обсуждение, то многие депутаты оппозиции демонстративно покинули зал, кворума не оказалось, решение не было принято. Этим и завершилась работа Третьей Думы.