Еще большее значение для судеб народных имел вопрос о восстановлении патриаршества, упраздненного Петром I. Утвержденный великим преобразователем пост обер-прокурора Священного синода — его не случайно именовали министром по «вероисповедным» делам, превращал церковь в составную часть административно-управленческих структур. К тому же высшая церковная бюрократия (Священный синод, епископат) порабощали «белое духовенство», то есть священников городских и сельских приходов; церковные приходы были лишены древнего права свободного выбора священнослужителей. Бюрократическая регламентация, произвол высших иерархов церкви должен был уступить место новому режиму самоуправления верующих, свободы веры по формуле: «Свободная церковь в свободном государстве». Но поскольку свободное государство рождалось в муках, то, естественно, до свободы церкви было еще далеко. В дни смуты церковь, священнослужители воспринимались простым людом как часть администрации и разделяли судьбу последней. Иными словами, промедление с обновлением церкви было одной из причин духовного надлома православного люда, причиной новой смуты. Современники возлагали основную ответственность за это трагическое промедление на обер-прокурора К. П. Победоносцева. Так, П. Н. Милюков, лидер партии «Народная свобода», прямо относит «русского Торквемаду» к числу тех немногих лиц, «кто несет главную ответственность за крушение династии»3
.Обновление церкви фокусировалось на вопросе о восстановлении патриаршества. Упомянутый выше указ 17 апреля 1905 г. «Об укреплении начала веротерпимости» обещал созыв Поместного собора (то есть всего высшего духовенства — епископата) и выборы на нем патриарха после 200-летнего перерыва. Церковный собор был намечен на декабрь 1905 г., но не был созван.
Избрание патриарха призвано было увенчать восстановление всей полноты церковной организации, начиная снизу от мирян, реформы церковных приходов на началах самоуправления верующих и права выбора священников.В 1906 г. было созвано Предсоборное совещание для обсуждения вопроса об избрании патриарха, оно прекратило свою работу в декабре 1906 г., в 1911 г. было собрано вновь, но Поместный собор так и не был созван. Вплоть до революционного переворота православная церковь оставалась целиком во власти бюрократии, во главе с обер-прокурором Синода. Полагаем, что в число немногих лиц, виновных в этом, следует отнести императора Николая II. Его позиция в вероисповедных делах была непоследовательна. С одной стороны, он накладывал самодержавное вето на ряд законопроектов, уже принятых обеими палатами (о праве на свободное сложение сана священника, о еврейском равноправии), а с другой — искренне желал восстановления патриаршества, беря в этом вопросе за образец обычаи, порядки первых Романовых (с этим связан выбор имени цесаревича-наследника). Более того, даже намеревался стать духовным отцом всего православного мира.
Вскоре после Предсоборного совещания 1906 г. Николай II внес неожиданное, всех изумившее предложение о том, что сам желает стать новым патриархом Московским и Всея Руси и готов ради этого сложить с себя тягостное ему бремя административной власти, передав свой престол малолетнему цесаревичу Алексею. Это, конечно, штрих к портрету императора, поступок, выходящий за пределы одной лишь характеристики его личности. Этот неожиданный шаг царя, связавший вопрос о патриархе с проблемой престолонаследия, осложнил восстановление патриархии, да и всего обновления церкви. Как бы то ни было, обещание царя восстановить патриаршество к 300-летию династии Романовых осталось неисполненным.
Государственная Дума не проявила в решении этой проблемы должной последовательности, настойчивости, упорства. Вопрос о восстановлении патриаршества поднимался на пленарных заседаниях Думы, например, 11 марта 1911 г. этому посвятил речь П. Н. Милюков. Но далее речей дело не пошло.
По-видимому, в промедлении с обновлением церкви отрицательную роль сыграло ущемление прав Думы на законодательный почин и приоритетное право исполнительной власти (то есть соответствующих министерств (ведомств) в этой подготовительной работе. В данном случае Священный синод и Совет министров оставляли за собой всю подготовительную работу по отношению к церкви.