При обсуждении бюджета канцелярии Министра путей сообщения на 1908 г. произошло единственное за все время существования Думы выступление представителя большинства графа В. Бобринского в защиту прав Думы. Действие временных штатов Министерства путей сообщения было продлено между Второй и Третьей Думами не в порядке статьи 87 Основного закона, а в порядке верхнего управления. Во время первой сессии Третьей Думы ее бюджетная комиссия обратила на это внимание, и в докладе по смете канцелярии Министерства путей сообщения было отмечено, что продление действия штатов в порядке верховного управления не может быть закономерным. Представитель ведомства отказался дать комиссии объяснения, но Шингаревым было подчеркнуто, что проведенные в таком порядке штаты не имеют силы закона, что и было зафиксировано в докладе бюджетной комиссии. При обсуждении сметы канцелярии министра путей сообщения на 1908 г. А. И. Шингарев поднял этот вопрос уже на пленарном заседании и указал, что продление штатов на основании высочайше утвержденного мнения Совета министров не может служить легальным титулом, так как оно проведено не в порядке, указанном Основными законами. Его поддержали депутаты. «Ст. 11 Основных законов, — прибавил А. М. Колюбакин, — совершенно определенно говорит, что высочайшее повеление следует только в удовлетворение действующих законов, а не создает новых, помимо порядка, который указан в Основных законах. Утверждение штатов испрошено с нарушением этого порядка, и Госдума не должна считать для себя предела в этих штатах. Она может их сокращать». Граф Бобринский присоединился к заявлениям фракции народной свободы и, возражая товарищу министра путей сообщения Мясоедову-Иванову, пытавшемуся доказать правильность проведения штатов в порядке верховного управления, заявил свой протест, и на этом основании фракция умеренно правых и фракция октябристов предлагают уменьшить ассигнование на штаты Министерства путей сообщения на 1 рубль19
.Предложение это и было принято подавляющим большинством. Этот «конституционный рубль» символичен для понимания всей проблемы взаимоотношения «разделенной власти». Бесправие Думы, с одной стороны, произвол администрации — с другой, находят в нем яркое выражение.
В день закрытия второй сессии Третья Дума утвердила Наказ, внутренний распорядок работы в окончательной редакции, завершив тем самым работу двух первых Дум, использовав их и свой опыт и основательную теоретическую разработку ими вопросов внутреннего распорядка. К этому надо добавить два года опыта работы в комиссиях Третьей Думы и обсуждение Наказа на ее тринадцати общих заседаниях. Из Наказа, подготовленного еще Первой Думой, по определению Сената был устранен всякий, даже слабый намек на обязанность министров и других должностных лиц представлять словесные объяснения в заседаниях думских комиссий. Наказ Третьей Думы сформулирован так, что не остается сомнений, что речь идет только о порядке приглашений представителей правительства, но отнюдь не об их обязанности являться по вызову Госдумы (§ 54 Наказа). Словом, под нажимом власти старались убрать все, что могло быть истолковано как вторжение законодательного органа в область органов исполнительных. Приглашение должностных лиц идет в порядке приглашения экспертов. Последних Дума не могла приглашать из числа «сторонних» лиц. Письменные материалы Дума тоже могла просить только в министерствах.
Третья Дума сохранила практику своих предшественников и в том, что сам акт открытия Думы совершается в порядке определения, высочайшим указом, то есть лицом, определенным императором, но затем временное председательствование переходит к старейшему депутату, который и руководит избранием председателя Думы. Наказ Третьей Думы сохранил определенный первыми Думами порядок прекращения прений квалифицированным большинством. Режим простого большинства, несмотря на острые настроения левых, все же в Наказ введен не был. Для прекращения прений была установлена квота в 100 голосов.