В апреле 1535 года из-за проблем со здоровьем Игнатий отправился на свою баскскую родину. Наряду с этим он хотел уладить некоторые семейные дела своих товарищей на родине. Он был настолько предусмотрителен, что принял в качестве подарка небольшую лошадку, которая должна была облегчить его путешествие. После 13 лет странствий он впервые вернулся в Лойолу. Прежде в переписке со своим братом Мартином Гарсия де Оньясом он высказался о том, насколько для следования за Христом важно радикальное отделение от семьи. Одно из его писем к брату сохранилось (WA I, 2f.).
В Лойоле он не принял помощи от своей семьи. Он поселился в больнице для бедняков в Аспейции и жил подаянием. Это несомненно было воспринято как вызов семье, бывшей патроном города. Сразу по своему приезду он начал – опять-таки к ужасу всей семьи – вести пастырскую деятельность. Он вел духовные беседы, ежедневно преподавал «христианское учение» – своего рода катехизис, состоявший из 10 заповедей, основных молитв и объяснения таинств – детям, проповедовал в воскресенье, что было весьма необычно для того времени, добился запрещения карточной игры, заботился о создании социального обеспечения для бедных, положил конец давнему ожесточенному спору между женским монастырем и приходом, боролся против конкубината, способствовал тому, чтобы церковные колокола трижды в день призывали верующих к «Ангелу». Вся эта деятельность имела успех. Очевидно, что его убедительность и авторитет были настолько сильны, что его слова возымели необходимое действие. Вероятно, эти мероприятия действовали еще в течение нескольких лет после его отъезда. Ангельский звон по завещанию его брата превратился в этих местах в постоянный обычай.
Его реформы не были чем-то необычным. Другие испанские реформаторские движения преследовали аналогичные цели. Необычным было лишь то, что один единственный человек в столь короткое время смог достичь такого результата. Действия Игнатия были направлены как на исправление отдельных лиц, так и на структурные изменения, которые предполагали социальные и духовные улучшения. Для него эти различные уровни были нераздельны и опирались друг на друга. Уже тогда стало ясно, что его духовность включала в себя, в том числе и материальные и политические аспекты.
На родине Игнатий пробыл около трех месяцев. Поначалу его здоровье стало улучшаться, однако потом он снова заболел. После своего выздоровления в октябре 1535 года он вновь отправился в путь. Брат уговорил его взять с собой лошадь. В провинции Наварра, в Мадриде и Толедо он выполнил поручения своих товарищей. Неподалеку от Сегорбы он навестил своего парижского товарища по учебе, который жил там в картезианском монастыре. В Барселоне он встретился со своими прежними благотворителями и оттуда на корабле отправился в Италию.
Корабль попал в бурю. Пассажиры ожидали кораблекрушение и готовились к смерти. Игнатия больше не мучил страх вечного осуждения за грехи, но он был удручен тем, что «не использовал как следует те дары и ту благодать, которую сообщил ему наш Господь Бог» (РП 91, 33). Постепенно его духовность претерпевает изменения. Страх перед карающим Богом исчезает. На его место приходит ответственность за исполнение своего личного поручения Божия. Однако эта ответственность пока еще была смешана со страхом.
Ожидание в Верхней Италии
Вначале Игнатий хотел остаться в Болонье и там усовершенствовать свои богословские знания. Однако он заболел, и поэтому почел за лучшее отправиться в другое место. В конце 1535 года он прибыл в Венецию. У него был еще целый год времени, так как он договорился встретиться со своими товарищами в городе на лагуне в начале 1537 года. Вероятно, он был принят в одном из монастырей. Деньги ему дала одна из его покровительниц, Исабель Росер, в Барселоне. Этот год он посвятил пастырской деятельности, в особенности духовным беседам и преподаванию упражнений. Среди прочих у него совершил упражнения испанский священник по имени