Выборгская губерния не была еще отдана финляндцам, но Армфельт уже распоряжался в ней. — 26 октября 1811 г. Боргоский епископ М. Алопеус получил Высочайший рескрипт, в котором говорилось: «Остановившись на проекте соединить старую и новую Финляндию и изыскивая средства воскресить благосостояние, которого так долго была лишена эта губерния, Я пришел к мысли, что было бы настоятельно необходимо прежде всего озаботиться её нравственным развитием, как залогом всякого гражданского благосостояния. Так как религия составляет главнейшую основу всякой политической морали, то Я счел своим долгом обратить на нее мои первые заботы. Церковное управление старой Финляндии войдет со времени её присоединения в ведение вашего епископства. Я бы хотел, чтобы вы, г. епископ, уже с настоящей минуты приняли на себя заботы о ваших новых духовных чадах, и чтобы, прежде чем совершится присоединение гражданское, были уже подготовлены и скреплены узы нравственные. В этих видах, Я желал бы, чтобы вы объехали главные приходы старой Финляндии, дабы вообще ознакомиться с религиозным настроением этой области»... Опережая это повеление, Армфельт уже 5 — 17 октября писал Алопеусу: «Не могу достаточно рекомендовать вам тщательное и серьезное исследование о поведении пасторов, и о способе исполнения ими своего призвания. Неслыханные жалобы и рассказы, которые передаются по этому предмету, делают вашу ревизию еще более необходимой, еще более важной по своему результату. Невозможно, чтоб варварство и убожество в старой Финляндии дошли бы до таких размеров, если б духовное попечение и церковная дисциплина не была в таких же плохих руках, как и светская; для меня теперь очень важно узнать правду, и знать, на каких основаниях я могу строить планы для сформирования гражданской администрации». В следующем письме от 6-го января 1812 г. Армфельт смело обнадеживает епископа, что все его предложения будут утверждены Государем. «Вы, г. доктор и епископ, априори можете принять меры, какие вы найдете удобными» для поднятия значения пасторов. Затем следует совет не иметь никакого дела с православными приходами, в виду того, что Синод бесконечно оберегает свои права. «Да поможет нам Господь с пасторами и судьями в Выборгской губернии, иначе все благодеяния Государя этому народу погибнут. Здесь более требуется нравственности, чем знаний, чтоб эти заблуждавшиеся и несчастные существа научились понимать свои обязанности и права. С судьями я поведу дело без всяких разговоров, с пасторами же требуется больше форм. Как побороть их страшно жадное вымогательство у крестьян на это все больше поступает сюда (в Петербург) жалоб, и я опасаюсь, что Государю все это скоро надоест и он будет считать наших лютеранских священников за пиявок».
С живым интересом следил Армфельт за ходом дел в новой губернии, и её энергичный правитель К. Шернваль находил в нем прочную опору. Поддержка эта была нужна; без большего личного влияния Армфельта у Монарха, исход реформы, — которая предпринималась с тем, как выразился Армфельт, чтобы искоренить в русских помещиках «дух аристократизма и варварства» — был бы очень сомнителен. На эти меры обрушились прежде всего привилегированные классы старой Финляндии, и их сильное неудовольствие обращалось к первому виновнику перемен — Армфельту, который не скрывал своих мыслей и не щадил никого в своих отзывах. Предводитель дворянства в Выборгской губернии, генерал Фок, принадлежал к числу более недовольных. По случаю его скоропостижной смерти, Армфельт писал: «Толстяк-генерал умер в 3 дня; он, конечно, уморил себя воплями, ибо он был в совершенном отчаянии от того, что творилось в Выборгской губернии. Если бы Богу угодно было так же милостиво призвать и некоторых других из этих трубачей, то было бы меньше досады» (письмо к К. Шернвалю 26 апреля 1813 г.). Многие русские помещики желали лучше сбыть свои имения, чем оставаться при новых условиях в старой Финляндии. «Законы и конституционные порядки — для них чумные желваки», — писал Армфельт. Сам же он купил, в 1812 г., для своей приемной дочери, от русского землевладельца имение Пукиниеми при Ладожском озере.