После этого оскорбленный Гарибальди удалился в Милан и там был провозглашен генералиссимусом итальянских войск. Теснимый австрийцами, он отступил, а по пути узнал о сдаче Милана австрийцам. Это до такой степени возмутило Гарибальди, что он, не рассчитывая более на содействие Карла Альберта, решил один бороться с могущественной Австрией.
Но силы были явно неравны, и, располагая лишь отрядом в 1500 человек, Гарибалиди после упорной борьбы, несколько раз вырываясь из окружения, вынужден был перейти на швейцарскую территорию. Отчаянное упорство, проявленное им во время всеобщего упадка духа, сделала имя Гарибальди чрезвычайно популярным во всей Италии. Сицилийцы предложили ему начальство в своей борьбе против неаполитанского короля Фердинанда II, но Гарибальди был уже тогда в Риме, куда привел (21 декабря) несколько сот своих приверженцев на помощь временному правительству.
Выбранный в Конституционное собрание, он на первом же заседании, 5 февраля 1849 года, внес предложение о провозглашении республики. После успешных операций против неаполитанцев при Палестрине и Веллетри (15 мая) он принял заметное участие в блестящем отражении французов, атаковавших Рим 30 апреля. Когда генерал Удино после длительной осады и получив сильное подкрепление взял Рим штурмом, Гарибальди, будучи раненным в грудь, повел своих людей (1550 человек) на север, чтобы продолжать борьбу с австрийцами, завладевшими Болоньей, и добраться, если получится, до Венеции, все еще продолжавшей держаться.
Тогда Гарибальди сказал своим соратникам: «Друзья мои, на этот раз мы побеждены, но еще не все потеряно для освобождения Италии. До сих пор я приносил вам труды, опасности и смерть. Теперь предлагаю голод, жажду, холод и зной. Ни жалованьем, ни пристанищем, ни пропитанием, вы знаете, я не могу вас обеспечить. И потому только тот может следовать за мной, кто любит отечество и славу».
Несмотря на проявленную отвагу, оттесненный к восточному берегу и окруженный врагами, Гарибальди вынужден был искать спасения на море.
Мы нисколько не считаем Гарибальди ни полубогом, ни злым духом, но в то же время не можем отказать ему в твердости его характера, непоколебимой воле, в необыкновенном упорстве, с которыми он постоянно стремится к избранной им цели, изобличающей в нем присутствие неподдельного патриотизма.
Во время этих скитаний умерла мать его детей Анита (Анна-Мария ди Жесус Рибейру), всюду сопровождавшая его с того момента, как они познакомились в Бразилии в 1836 году. Затем, обязанный своим спасением преданности итальянских патриотов, Гарибальди бежал в Пьемонт, но там его вынудили эмигрировать в Северную Америку. В Нью-Йорке Гарибальди сначала работал на свечном заводе, затем получил место шкипера корабля и совершал рейсы по Тихому океану.
В 1854 году Гарибальди снова прибыл в Европу и поселился в Ницце, продолжая заниматься торговыми делами. В декабре 1855 года он купил земельный участок на небольшом острове Капрера, у северного побережья Сардинии. В одном из писем к своему другу Джованни Баттиста Кунео он тогда так объяснил свою временную пассивность: «Если я не рискую собой, то только потому, что не вижу никакой надежды на успех».
Но затем граф ди Кавур призвал Гарибальди на тайную встречу в Турин и убедил принять участие в войне, которую Виктор Эммануил II готовился предпринять против Австрии. Несмотря на решительное отвращение, которое питал к Гарибальди Наполеон III, граф ди Кавур разрешил ему организовать отряд волонтеров.
Зачем мне было обещано прислать два полка конницы и одну батарею, во имя защиты которых моя небольшая бригада едва избежала уничтожения, меж тем никакой конницы и артиллерии не только не прислали, о них вообще никто ничего не слышал. Значит, это была западня, чтобы погубить горсть храбрецов, действовавших на нервы некоторым стоящим у власти воякам!