Он сочетал строгую требовательность к работе сотрудников с участием к их личным интересам, житейским озабоченностям, что делал с завидным тактом и отзывчивостью. Музей именно как музей не состоялся, никакой экспозиции развернуто не было. Велась исследовательская работа, и по широкому фронту. Для архивных разысканий Владимир Дмитриевич привлек и ленинградских ученых – Наталью Александровну Казакову, Якова Соломоновича Лурье, Николая Алексеевича Соколова. Из москвичей, не состоявших в штате музея, к его работам привлечен был Александр Александрович Зимин.
Принципиальная установка, предложенная Владимиром Дмитриевичем и принятая всем коллективом его сотрудников, определена была в следующем: «Изучать, исследовать религиозные вопросы, религиозные сочинения, религиозные движения так же спокойно и всесторонне, как естествоиспытатель исследует жизнь природы во всех ее проявлениях, а экономист и социолог – общество людей на всех ступенях его развития». Установка простая, можно сказать, само собой разумеющаяся, но в контексте времени, когда религия менее всего изучалась как предмет науки, а более всего служила мишенью для обличений, установка эта шла против течения и звучала вызывающе. Музею суждена была скоротечная жизнь. На его помещение покусилась какая-то организация, занимавшаяся производством мультипликационных фильмов, – натиск, от которого пришлось отбиваться, вплоть до письменного обращения Владимира Дмитриевича к Сталину с обоснованием необходимости сохранить музей. Реакции, во всяком случае положительной, не последовало, напротив, через высокие академические инстанции пришло распоряжение эвакуировать экспонаты и библиотеку музея в Ленинград, чтобы пополнить ими фонды Музея истории религии и атеизма334
, находившегося в Ленинграде, в здании Казанского собора. Все хлопоты за сохранение музея, его научного коллектива, а потом по транспортировке его ценностей в Ленинград – это отражено в письмах – небезотносительны к той принципиальной установке, которой руководилась научная деятельность музея. Попытка обратиться к религии как к предмету науки была сорвана, хотя уже успела принести первые плоды. В частности, именно тогда была предпринята и далеко продвинута работа по архивным разысканиям и источниковедческому изучению первоисточников по истории еретических движений в России XIV – начала XVI века. Итогом этой работы стала монография Н. А. Казаковой и Я. С. Лурье «Антифеодальные еретические движения на Руси XIV – начала XVI века». Большую часть этого объемистого (50 авторских листов) труда составляет публикация соответствующего теме рукописного наследия – самая полная, научно подготовленная, источниковедчески исследованная публикация, заслужившая, как и весь труд, признание и вошедшая в оборот мировой науки. Как творческий импульс и пример труд этот имел продолжение в нескольких других исследованиях по истории религиозно-общественных движений в России, начиная с XIV и по начало XX века.Учреждение музея, выбор направления его деятельности, труды его научного коллектива, как и борьба, пядь за пядью, против его ликвидации – малая, но поучительная страничка в истории нашей науки.