Под тяжелым грузом знаний, осознавая, что целый круг проблем ожидает решения, европейские мыслители отступили на территорию, границы которой теперь отмечали Оксфорд, Брюссель, Кёльн и Базель. Лишь позднее она распространилась до Кракова, Праги и Вены, центром ее стал Париж. Для интеллектуалов уже было невозможно оттачивать свои умственные способности, отправляясь в путешествия по миру, в том числе и на Восток, из которых они возвращались с новыми впечатлениями. Интеллектуальная жизнь теперь сосредоточилась в университетах. Публичные диспуты с катарами, вальденсами, иудеями или теологами восточной церкви были также больше невозможны вследствие изменения церковного и общественного климата. Однако в несколько измененной форме, при соблюдении строгих правил, предписанных церковью, схоластические диспуты теперь устраивались в университетах, что стало отличительной чертой школярской жизни Средневековья. Университет был учреждением, в одно и то же время ограничивавшим активность студентов и поощрявшим ее. Университет был бастионом веры, твердыней папской церкви, инструментом королей, прелатов и монашеских орденов. В них проходило подготовку новое клерикальное сословие, академически образованные эксперты и церковные чиновники. Специалисты в церковном каноническом и гражданском праве становились ценными помощниками для обретавшей силу и влияние папской церкви и для западных монархий.
Однако университеты были и оазисами свободомыслия. В их аудиториях все «запретные» вопросы можно было открыто обсуждать и критиковать. Едва ли была какая-либо животрепещущая проблема, касавшаяся Божия бытия, мира и церкви, христианства и догматов, которая не обсуждалась бы в университетах XIII–XIV столетий.
Для папства университеты были предметом их надежд и причиной их глубокого недовольства, что можно проиллюстрировать на двух примерах. Университет Болоньи получил от папы статус «учителя Европы». В Булле 1220 г. папа Гонорий III с благодарностью признал, что из Болоньи выходят «правители, что управляют христианским народом»; это был намек на специалистов канонического права, которыми была известна Болонья. В 1290 г. на церковном соборе в Париже выступил папский легат с суровой критикой Парижского университета. Легатом был не кто иной, как Бенедетто Гаэтани, будущий папа Бонифаций VIII. Он укорил профессоров университета в том, что они много возомнили о себе и выставляют напоказ свою мудрость перед Папской курией. «В Риме мы считаем их скорее глупыми, чем невежественными, людьми, отравившими не только себя своим учением, но и весь мир. Вы, мэтры Парижа, сделали вашу науку и доктрины предметом насмешек… Все это пустое… Для нас ваша слава просто глупость и мираж… Мы запрещаем вам под угрозой потери вашего высокого положения и вашего достоинства обсуждать привилегии нищенствующих орденов, будь то открыто или тайно». Гаэтани пришел в ярость, услышав о поддержке, оказанной университетом французским епископам, выступившим против буллы
Парижский университет, оказавшись в подобной ситуации, не собирался сдаваться. В позднем Средневековье он стал самым влиятельным оппонентом папства, главным поборником галликанской политики французских королей и французской церкви. Когда начался этап демократизации церкви, то есть оформилось концилиарное движение в начале XV в., Парижский университет на соборах в Констанце и Базеле заявил о своем праве судить пап.