Если студентам не удавалось достичь соглашения с городом или профессорами, они могли заявить о выходе из-под их юрисдикции. Имеются примеры этого в Болонье и Париже. Другие города были готовы приветствовать академических мигрантов по вполне понятным причинам, экономическим и политическим. В них была потребность как в сфере управления, так и в экономике. Фактически большинство итальянских юридических школ и университетов были образованы теми студентами и профессорами, которые вышли из состава своей альма-матер, поскольку не могли больше мириться со сложившимся положением в своих городах. Самый наглядный пример подобного рода имел место в Болонье в 1222 г., когда ее студенты образовали университет в Падуе, от которого в 1228 г. отпочковался университет в Верчелли. Университет в Виченце, основанный в 1204 г., был, возможно, тоже рожден Болонским университетом.
Примерно с середины XIII в. болонские студенты обучались, можно сказать, в двух «университетах»; в одном из них –
Кроме школ канонического и гражданского права в Болонье были также «университеты» свободных искусств и медицины. Философия и медицина были тесно взаимосвязаны, что было характерно для университетов Италии; основными авторитетами были Аристотель и другие классические медицинские труды. Хорошо известно, что практическая медицина, включая хирургию, считалась уделом хирургов-брадобреев и военных лекарей. В Болонском университете имелась также кафедра астрологии; самый известный среди тех профессоров, кто возглавлял ее, был астроном Чекко д’Асколи, который стал жертвой инквизиции и был сожжен в 1327 г.
Организация интеллектуальной и академической жизни в Италии преследовала политические и социальные цели. Папа полагал, что теологией должны заниматься ученые Англии и Франции, а не итальянцы; помехой в этом является их темперамент. В Болонье впоследствии был организован факультет теологии, но его роль была незначительна. Колледжи, основанные в Болонье для «иностранных» студентов («Авиньон» в 1267 г., «Брешия» в 1326 г., «Испанский» колледж в 1367 г.), так и не стали своими в университетской жизни.
Парижский университет в Средние века был средоточием наиболее значительных конфликтов в области научной мысли той далекой эпохи. Он был также местом, где мыслители позднего Средневековья начали закладывать основы современного научного знания. Университет постоянно не ладил с епископами, папами и королями, долгое время сопротивлялся влиянию нищенствующих орденов. В XIII–XIV вв. Парижский университет обрел в Европе ту власть, которая превосходила все, о чем только могут мечтать сегодняшние университеты. Средневековый Париж создал свой мир в мире Европы.