Данте в «Божественной комедии» помещает Сигера Брабантского, магистра факультета искусств Парижского университета, в Рай. Как ни странно, но в поэме его восхваляет Фома Аквинский, глава теологов и последовательный оппонент Сигера.
Обвиненный церковью, Сигер был брошен в тюрьму, где и скончался. Строки Данте, посвященные этому мыслителю, свидетельство подспудных течений в русле средневековой интеллектуальной жизни.
С самого начала студенты факультета искусств вели жизнь бурную. В начале XIII в. была раскрыта группа «пантеистов» и «вольнодумцев», и в результате несколько священников и клерков факультета были сожжены на костре или приговорены к тюремному заключению. Они впали в ересь из-за идей, которые внушили им Амальрик из Бена и Давид Динанский. В 1215 г. папский легат запретил преподавание философии природы Аристотеля (труды «Физика» и «Метафизика») и распорядился, чтобы все студенты факультета искусств дали клятву, что они даже не откроют фолианты с трактатами Давида Динанского и других еретиков. Однако к 1225 г. изучение трудов Аристотеля возобновилось. За прошедшее время студенты факультета свободных искусств поставили во главе его своего ректора, и клятва в верности ректору привела к изменению структуры управления.
Студенты факультета свободных искусств возглавили сообщества студентов 4 «наций», обычно настроенных антагонистично по отношению друг к другу: гальской, норманнской, пикардийской и английской. В последнюю группу входили также выходцы из Германии и других северных стран. С начала XIII в. существовало три факультета: свободных искусств, теологии и канонического права (медицина преподавалась на факультете искусств).
Начиная с XIII в. университет как единое целое (то есть студенты и преподаватели) находился в постоянном конфликте с ректором и властями Парижа. Первый и самый большой исход студентов и преподавателей из университета (1228–1229) произошел из-за беспорядков, случившихся на Масленичной неделе. Они бежали, спасаясь от бдительного надзора парижских церковных и светских чиновников, в Оксфорд, Кембридж, Анжер, Тулузу, Орлеан и Реймс (нет сомнения в том, что город и горожане испытывали массу неудобств от университета с его многочисленными корпорациями и большими толпами студентов). Рим был обеспокоен столь массовым исходом. Григорий IX, чья попытка вернуть беглецов была лишь отчасти успешной, в 1231 г. выпустил буллу
После событий 1228–1229 гг. установился временный мир между студентами факультета свободных искусств и теологами, которых объединило общее неприятие нищенствующих орденов, считавшихся открытыми врагами университета, которые, воспользовавшись обстановкой, активизировали свою преподавательскую деятельность. В 1253 г. магистры начали приносить клятву верности университетскому уставу. Подобных действий не могли дольше терпеть орденские братья. В 1255 г. папа в своей булле пригрозил университету отлучением от церкви, если он откажется признавать братьев докторами. С этого времени университет объявил о формальном самороспуске. Такое решение было его наиболее сильным оружием, которое он мог использовать без всяких для себя последствий. У университета не было принадлежавших ему зданий; и у него была возможность продолжить свою деятельность в любом ином месте, а его преподаватели и студенты могли найти желанный прием по всей Европе.
Во время конфликта каждая сторона выступала с обличениями противоположной стороны, называя своих противников «еретиками», «атеистами» и всякими оскорбительными эпитетами. Для XIII в. было характерно явное ухудшение интеллектуального климата, что было тесно связано с этим раздором. В 1261 г. было достигнуто временное перемирие благодаря папе Урбану VI, который изучал каноническое право в Париже. Университет согласился принять орденских братьев, но факультет свободных искусств был для них закрыт, он по-прежнему оставался территорией свободы. В борьбе с доминиканцами и францисканцами возродился корпоративный дух университета, и в 1318 г. присягу в верности были обязаны приносить также и орденские братья.