Несмотря на то что с Парижем сохранялись тесные связи, Оксфорд пошел своим путем. Преподавание естественных наук стало приоритетным, и в университете было много францисканцев. Лучшие математики XIII в. вышли из Оксфорда, например Джон Холивуд и францисканец Джон Печам, который стал архиепископом Кентерберийским. Долгое время францисканцев никто не беспокоил. Доминиканцы обосновались в Оксфорде в 1221 г., приобретя дом в самом центре города, расположенный у восточной границы большого еврейского квартала, так как в городе велась оживленная торговля. Мы еще не раз убедимся, насколько было велико их интеллектуальное влияние, и не в последнюю очередь благодаря связям с Испанией и Востоком. Если мы ознакомимся с трудами Роджера Бэкона, то увидим, что именно благодаря еврейским переводчикам оксфордским студентам стали доступны знания Античности и арабских ученых, накопленные в странах Средиземноморья. Доминиканцы в Оксфорде считали своей основной миссией обращение евреев в христианство.
Многие монашеские ордены обосновались в Оксфорде: францисканцы – в 1224 г., кармелиты – в 1256 г. и августинцы – в 1268 г. Конфликта между служителями-мирянами и монахами, который в Париже оставил заметный след на всей деятельности университета, в Оксфорде не было. Только в начале XIV в. возникли серьезные разногласия между братьями и университетом, подобные тем, что беспокоили Парижский университет. В результате судебного процесса в 1314 г. монархом была выдана патентная грамота университету, в которой были утверждены основные принципы университетской конституции и подтвержден демократический характер правящей им Великой конгрегации.
Слава Оксфорда неотделима от славы его колледжей, поэтому необходимо, хотя бы кратко, рассказать о наиболее важных из них. Университетский колледж основал около 1280 г. частный благотворитель Уильям Дарем, получивший звание магистра в Парижском университете. Колледж представлял собой небольшое самоуправляющееся общество из четырех магистров, проживавших вместе под управлением самого старшего из них. Колледж Баллиол основал сэр Джон де Баллиол; это был его акт покаяния за совершенные им грехи. Первоначально он являлся общежитием для неимущих студентов по парижскому образцу, и только в XIV в. он стал обычным английским колледжем. Уолтер де Мертон основал свой колледж де-факто и де-юре в 1264 г., и его можно считать «самым первым колледжем Оксфорда». Все первые восемь студентов были племянниками основателя, и, даже когда их число выросло до двадцати, все они были его родственниками. Мертон не имел академического статуса, его власть над школярами исходила из того факта, что он был им
В Италии в XIII–XIV вв. было множество небольших университетов, каждый из которых имел собственное здание; многие из них были не крупнее, чем городские юридические школы. Они были скорее светскими по характеру, нежели церковными. Например, были университеты в Реджо, Виченце, Сиене, Пьяченце, Перудже, Тревизо, Вероне, Пизе, Флоренции и Павии. Университет Неаполя, основанный Фридрихом II в ответ на основание Болонского университета (который принадлежал Гвельфам и, таким образом, был папским университетом), находился на особом положении. Падуанский университет, основанный студентами и преподавателями из Болоньи в 1222 г., получил дальнейшее развитие в 1306 и 1322 гг., когда пришло новое пополнение учащихся. Он имел уникальное положение среди университетов Европы. Под патронатом Венецианской республики Падуя стала центром, где изучалось наследие Аристотеля, она притягивала студентов со всей Европы, из Германии, Польши и центральноевропейских стран. Коперник и Галилей опирались на научные результаты исследований целых поколений падуанских докторов, математиков, астрономов и натурфилософов. Находясь под защитой Венеции, университет мог не опасаться инквизиции. Падуя стала известна благодаря ее терпимости. Это был первый университет на Западе, который в 1409 г. присудил докторскую степень еврею. Даже в XVIII в. в Падую приезжали работать студенты-протестанты из Англии и Шотландии.
В Испании и Португалии университеты основывали короли, и они поддерживали тесные связи с монархом. Ректором их, как правило, был королевский чиновник, и они имели связь с местными школами при кафедральных соборах, что иногда приводило к вмешательству епископа диоцеза в учебный процесс. Заслуживают упоминания университеты: в городах Испании – Вальядолид (середина XIII в.), Саламанка (около 1227), Паленсия (1208–1209) и Лерида (1300); в Португалии – университеты в Лиссабоне и Коимбре (1290).