Серьезное политическое влияние Парижский университет обрел в XIV – начале XV в. Университет был вне любой светской юрисдикции, в том числе королевского суда. Однако его внутренняя слабость проявилась в посмертном осуждении Жанны д’Арк в еретичестве и колдовстве два года спустя после ее смерти. Его положение еще более ухудшилось после длительной конфронтации с французской монархией во время правления Карла VII, Людовика XI и Людовика XII. В последний год XV в. Людовик XII в полном вооружении вошел на территорию университета и отменил все его привилегии. Этим своим действием король покончил со многими свободами, некоторые из них не восстановлены и по сей день.
С самого начала своего существования Парижский университет имел тесные связи с интеллектуалами Англии. В XII в. английские студенты составляли большинство среди учащихся нефранцузов. В Париже, а не в Англии была образована система коллежей; этому факту часто не уделяется должного внимания. Первый такой коллеж в Париже назывался
Однако коллежи в Париже значительно отличались от колледжей в Оксфорде. В Париже во главе коллежа студентов стоял старший, им был преподаватель. У них было меньше прав, чем у оксфордских колледжей. Церковные власти в Париже имели право инспектировать коллежи. В Оксфорде колледжи были автономными корпорациями, которые возглавляли выборные директора; они управляли с помощью старших членов колледжа, и при решении важных вопросов необходимо было присутствие всех членов колледжа. Но глава колледжа не имел права голоса при обсуждении общеуниверситетских вопросов.
В то время, когда в Парижском университете учились Эразм Роттердамский, Кальвин, Игнатий Лойола, коллежи стали, можно сказать, небольшими самостоятельными университетами. Многие парижские коллежи исчезли со временем, а другие были сметены Французской революцией. В Англии была сохранена преемственность: почти все колледжи средневековых университетов Оксфорда и Кембриджа существуют и поныне в той или иной форме.
Старые английские университеты и колледжи сохранили некоторые из своих средневековых свобод. Оксфорд был прародителем; Кембридж возник, когда сюда прибыли в 1209 г. студенты из Оксфорда. Нортгемптонский университет, существовавший между 1238 и 1264 гг., основали мигранты-преподаватели из Оксфорда и Кембриджа. Исход студентов из Оксфорда в Солсбери в 1238 г. привел к появлению в городе
В Оксфорде, как и в Париже, существовало деление студентов на «нации», но вскоре оно потеряло свое значение. Относительно быстрое образование единой нации в Англии позволило покончить в 1274 г. с «северными» и «южными» нациями, которые, как и в Париже, находились в ожесточенном конфликте друг с другом.