Всеми преследуемый и обвиненный на соборах в Сансе и Суассоне Абеляр, которому папа к тому же запретил (по наущению Бернарда Клервоского) и учить, и писать, был одним из отцов схоластики; разум был его постоянным помощником в познании истины. С его помощью теология стала наукой; Фома Аквинский и академические философы позднего Средневековья пользуются наследием Абеляра. Свою систему Абеляр выстраивал, развивая методы Аристотеля и нескольких канонистов, работавших незадолго до него. Для поиска и обнаружения истины, считал он, необходимо ставить рациональные вопросы, и при этом получать компетентный и твердый ответ
Абеляр был творческой натурой; он мастерски выстраивал внутреннее царство человека, для него это было прежде всего царство ума. Доступ в это внутреннее царство преграждала пассивная «материалистическая» средневековая этика и ее покаянная практика, которая рассматривала вину, грех и искупление как юридически оформленную сделку с Богом. Грешник должен был заплатить Богу определенный штраф за каждый грех, за каждый проступок против веры, так же как убийца должен был заплатить положенный штраф за убийство дворянина, клирика или несвободного крестьянина. Внутреннее «я» личности вряд ли могла затронуть такая примитивная этика. Абеляр учил, что все зависело от совести и от ее воспитания или, иначе сказать, от внутреннего обращения: намерение, но не сами дела, вот что было первично. Зажиточные монастыри, которые Абеляр критиковал также и по другим поводам, особенно болезненно воспринимали это утверждение, поскольку они получали много благодеяний от богатых грешников высокого положения, которые делали пожертвования в монастырь в искупление своих грехов. Если все зависело лишь от внутренних перемен в душе, то в чем тогда смысл «добрых дел»? Абеляр в этом вопросе разворошил осиное гнездо, и он понимал это. Потребность перейти к действиям, то есть к воспитанию, после высказанной критики становилась, вероятно, все более настоятельной.
Это предмет его знаменитой «переписки» с Элоизой, новой аббатисой Параклета. Нельзя определенно сказать, является ли эта переписка между женщиной, на которую он оказал столь большое влияние, что она изменилась внутренне, и между ним самим, ее другом, любовником и учителем, подлинной. Автором всех этих писем мог быть на самом деле сам Абеляр. Более важно содержание этих писем, магическое влияние которых ощутили на себе Петрарка и гуманисты, и которое продолжали ощущать все благочестивые люди на протяжении XV, XVI и XVII вв. и мы наряду с ними.
В этих письмах Абеляр обращался к своим современникам – монашеству и всем представителям мужского пола, которые думали только о власти, о почестях (которых они ожидали не только на земле, но и на Небесах), о воинских подвигах. Он высказал идею, что новым человеком может стать женщина. Она обладала утонченной душой и высокой духовностью, могла общаться в духе с Господом в своей душе. Абеляр подчеркивал тот факт, что женщины, которые последовали за Христом, сохранившие ему верность, стоят ближе к Нему, чем все мужчины; это было их заслугой, что Он, воскресший телесно, вошел в радость Пасхального дня. Абеляр ставил Марию Магдалину, святую покровительницу всех грешных женщин, выше всех воинствующих святых Средневековья. Так было положено начало культу Марии Магдалины, который нашел отражение в изобразительном искусстве эпохи расцвета раннего итальянского Ренессанса, произведения которого можно увидеть в музее Барджелло во Флоренции.
Такие идеи не могли не разгневать «монастырских учителей», для которых Бог был прежде всего Богочеловеком, имевшим мало общего с нечистым женским естеством. Церковное уложение о наказаниях и брачные договоры XII и даже XIII в. свидетельствуют о глубоко укорененном враждебном отношении к женщине. Абеляр призывал юношество и женщин Европы мыслить свободно и не бояться любить страстно, как и полагается новым людям.