Являясь очевидным выражением голландского государства, военно-морской флот отражал сложность внутренней политики и динамично меняющийся международный контекст. Созданный в рыночном обществе, которое решало стратегические и организационные проблемы экономическими и контрактными методами, флот органично вырос из конвоев и рыболовецких патрулей до восстания и каперов "Морского нищего" 1572 года. Он решал стратегические задачи, контролируя важнейшие прибрежные и внутренние воды, обеспечивая десантные перевозки, поддерживая осады, блокируя фламандские реки и препятствуя испанской торговле, наряду с основными задачами по конвоированию торговых и рыболовных флотов, что было постоянным требованием коммерческого сектора. Конвойные и лицензионные деньги были решены в 1572 году. Постоянный спрос на корабли, людей, деньги и припасы сделал военно-морской флот одной из самых сложных организаций в ранней современной Европе, и этот опыт распространился на более широкую экономику, где крупные торговые компании управляли внушительными флотами. Для выполнения этих задач требовались крупные крейсера, многие из которых нанимались у местных купцов, а для азиатских и средиземноморских торговых операций требовались более крупные корабли, способные вести боевые действия. Многие судовладельцы, получавшие прибыль от найма кораблей, входили в местные адмиралтейские комитеты. Этот "старый флот", состоящий из вооруженных торговых судов, каперов и зафрахтованных компаний, разгромил остатки военно-морской мощи Испании.
Руководство военно-морским флотом осуществлялось Генеральными штатами, а повседневное управление - генерал-адмиралом (когда эту должность занимал штадхолдер) и пятью отдельными адмиралтейскими коллегиями. Система коллегий, формировавшаяся в течение двадцати лет как ответ на разногласия интересов коммерческой элиты, была согласована в 1597 г. как временная мера. Она просуществовала до 1795 г., поскольку позволяла местным интересам контролировать местные налоги. Три коллегии располагались в Голландии: в Амстердаме, Роттердаме и общая коллегия для Северного квартала, чередовавшаяся между Хоорном и Энкхёйзеном; остальные - в Миддлбурге и Доккуме, а после 1645 г. в Харлингене - обслуживали Зеландию и Фрисландию. В значительной степени их работа носила экономический характер. Коммерческая элита, возглавлявшая Адмиралтейские коллегии, была вовлечена и в управление крупными торговыми компаниями - VoC и WIC. Следовательно, «торговые компании были заинтересованы в организованном применении насилия для поддержки своих коммерческих интересов и в разной степени пользовались правом применять такое насилие от своего имени». Контроль над сбором конвойных и лицензионных денег давал местной купеческой элите значительную политическую власть и обеспечивал защиту их судоходства со стороны государства.
Купцы, руководившие адмиралтействами, использовали флот для сопровождения своих торговых судов. Сохранение крейсерского флота еще долгое время после того, как Республика отошла на второй план, отражало экономическую значимость морской деятельности. В мирное время защита торговли финансировалась за счет местных конвойных сборов, лицензий на каперство и торговлю с врагом, а также за счет ввозных пошлин, взимаемых во внутренних провинциях. Этих средств никогда не хватало, и четыре внутренние провинции требовали от Голландии и Зеландии покрыть недостачу. В ходе войны дополнительные налоги были собраны Генеральными штатами и за счет государственных займов на амстердамском рынке капитала, которые использовались в качестве субсидий местными адмиралтействами, лоббировавшими интересы провинциальных ассамблей с целью получения дополнительных средств.
Региональная система Адмиралтейства, которую часто называют неэффективной, поддерживала успешный флот XVII века за счет использования связей между торговлей и войной, характерных для всех морских держав. У этих адмиралтейских комитетов были все основания быть эффективными: они не только возглавлялись людьми, имевшими опыт судоходства и торговли, но и имели доступ к крупнейшей концентрации морских ресурсов в Северной Европе. Собственные интересы обеспечивали принятие правильных решений. Экономика антрепотов ставила во главу угла безопасность судоходства, и конвои, использовавшиеся задолго до восстания, оставались предпочтительным методом. Конвои превалировали над боевыми действиями флота, крейсерством и блокадой фламандских портов.