Рассматриваемый "коллективно и институционально" как оборонительное морское ополчение, флот был "менее пугающим и более национальным, чем армия". Успешные адмиралы становились национальными героями, а публикация индивидуальных и коллективных биографий способствовала закреплению их статуса. Однако моряки и офицеры в целом поддерживали фракцию "оранжевых", а не "морскую" Партию прав штатов. Лишь немногие офицеры были выходцами из патрицианских семей. Политика "Права штатов" Михиля де Рюйтера и его дружба с Йоханом де Виттом отравили его профессиональные отношения с оранжистом адмиралом Корнелисом Тромпом и поставили под угрозу боеспособность флота в 1672 году.
До 1650 г. большинство голландских военных кораблей представляли собой небольшие наемные торговые суда, усиленные горсткой средних боевых кораблей, скорее крейсеров, чем капитальных судов. Сражения велись без тактического порядка, в серии ближних боев с преобладанием абордажа. Морское мастерство и энергия были в приоритете перед слаженностью и контролем, которые принц Мауриц с таким успехом навязывал армии. Новый способ ведения войны на море голландцы переняли у англичан, которые в 1650-х годах переняли голландские военные методы на плаву.
Пределы военно-морской мощи Нидерландов стали очевидны в 1598 г., когда Филипп III перешел от сухопутных операций к экономической войне. Финансируемые государством кампании против испанской и португальской торговли и колоний провалились, парализовав провинциальные адмиралтейства долгами, и Республика была вынуждена полагаться на негосударственных игроков, каперов и новую Ост-Индскую компанию (Vereenigde Oostindische Compagnie, VoC) в ведении океанских войн. Генеральные штаты использовали эти усилия, предоставляя финансовые стимулы и помогая объединить разрозненные элементы, ставшие VoC. В 1602 г. Генеральные штаты выдали своим кораблям каперские заказы на захват португальских судов как для установления экономического превосходства Нидерландов в Азии, так и для ослабления Габсбургской империи. Было захвачено не менее тридцати португальских карраков, а один каррак, захваченный Якобом ван Хеемскерком в 1604 г., принес грабеж на сумму четыре миллиона гульденов, что побудило VoC нанять эксперта-юриста Гуго Гроция для обоснования проблематичного захвата. Для поддержания морского импульса VoC создала базы в Азии, но, как и все подобные учреждения, с древних времен эти следы морской мощи превратились в отдельные территориальные образования, ориентированные на добычу ресурсов.
Когда в 1604 г. Англия заключила мир с Испанией, английские каперы перешли в голландские порты, удвоив активность голландцев и вынудив Испанию начать мирные переговоры. В 1607 г. национальный флот под командованием ван Хеемскерка при активной поддержке ВоК уничтожил испанский флот в Гибралтарской бухте. Эти усилия нанесли ущерб испанской торговле, удерживая иберийские караваны на привязи в Европе, в то время как голландцы открыли Азию, обеспечили доступ к Средиземноморью и создали подходящее военно-морское ядро для республиканского повествования о власти и прибыли, которое Амстердам создал в противовес бесплодным и дорогостоящим военным кампаниям Штадхолдера. Однако море оставалось второстепенным: независимость была обеспечена на суше, и только армия могла предотвратить враждебное вторжение. Эта реальность может объяснить, почему Республика игнорировала большие престижные военные корабли, построенные монархиями Дании, Англии, Франции и Швеции. Эти устрашающие орудия, созданные для утверждения господства в океане, а не для торговой борьбы, были малоинтересны республике, которая полагалась на превосходство в коммерции и частное насилие.
Морская экономика после 1588 г. создала мощный сектор услуг, индустриализацию и масштабную урбанизацию. Население Амстердама выросло с 50 тыс. человек в 1600 г. до 200 тыс. человек в 1650 г. Двенадцатилетнее перемирие с Испанией 1609 г. послужило интересам Амстердама, освободив голландское морское предпринимательство от ограничений военного времени. Решение Стадхолдера о возобновлении войны в 1621 г. подвергло голландскую торговлю нападению фламандских каперов, что вынудило Республику усилить военно-морскую активность. Хотя уничтожение Маертеном Тромпом конвоя испанских войск в битве при Даунсе 21 октября 1639 г. фактически положило конец конфликту, активность фламандских каперов утихла только после захвата французами Дюнкерка в 1646 г. Испания окончательно признала Республику в 1648 г., но голландское судоходство на протяжении десятилетий играло важнейшую роль в испанской экономике. Дорогостоящая и малопродуктивная война усилила предпочтение амстердамских олигархов к миру. Несмотря на растущую угрозу со стороны английских каперов, в 1649 г. многие военные корабли были проданы, чтобы уменьшить финансовое бремя. Ни независимость, ни мир не определили сущность государства, хотя и повысили ставки.