Главное место среди женских монастырей отводилось Вознесенскому девичьему в Кремле, основанному супругой Дмитрия Донского, великой княгиней Евдокией Суздальской. С 1407 по 1728 гг. в монастырском храме Вознесения Господня погребались русские великие княгини, царицы, великие княжны и царевны.
Зачатиевский девичий монастырь (Остоженка) был основан московским святителем Алексеем, митрополитом Московским, в первой половине XV в. Со святителем связано возникновение Алексеевского девичьего монастыря, первоначально находящегося также в районе Остоженки, затем — на месте храма Христа Спасителя, в связи со строительством которого, по указу Николая I, обитель снесли и заново отстроили на Верхней Красносельской улице.
Новодевичий во имя иконы Смоленской Божьей Матери монастырь (Девичье поле) был основан великим князем Василием III в память взятия Смоленска в 1524 г. В обители жили царица Ирина Годунова, супруга царя Федора Иоанновича и родная сестра царя Бориса Годунова, Евдокия Лопухина, первая супруга Петра I, томилась в заключении правительница Софья.
Рождественский девичий монастырь на улице, которой он дал имя Рождественки, основан сразу после Куликовской битвы княгиней Серпуховской и Боровской Марией Кейстутовной для вдов и осиротевших матерей участников великого сражения.
Возникновение Ивановского девичьего монастыря (Б. Ивановский пер.) связывается с обетом матери Ивана Грозного великой княгини Елены Васильевны из дома Глинских. Страстной девичий (находившийся на нынешней Пушкинской площади) начал свою деятельность в 1654 г. в связи с перенесением в Москву чудотворной иконы Страстной Пресвятой Богородицы Одигитрии из нижегородских земель. Никитский девичий (расположенный на Б. Никитской — снесен) находился под покровительством царствующей семьи.
Более поздними по времени возникновения были монастыри Всехсвятский единоверческий девичий (за Рогожской заставой) и открытый в 1890 г. близ Бутырской заставы, на Новослободской улице, общежительный монастырь Всех Скорбящих Радости, по имени домовой церкви, устроенной основательницей монастыря княжной А.В. Голицыной. Соборная монастырская церковь была сооружена во имя Всемилостивого Спаса воскресенской купчихой А.А. Смирновой. Монастырь содержал восьмиклассную гимназию с правами государственного учебного заведения.
Чудов мужской кафедральный монастырь в Кремле (снесен) был основан в 1365 г. митрополитом Алексеем. Он просуществовал вплоть до своего разрушения в том виде, который приобрел в 1771 г. Строительство Богоявленского мужского монастыря (Никольская ул.) было начато при первом московском князе Данииле Александровиче. Собор сооружен при последнем древнем патриархе — Адриане.
Древнейшим среди московских монастырей считается Даниловский мужской, основанный в XIII столетии князем Даниилом Александровичем. Монастырь входил в число «сторожей» Москвы — крепостей, защищавших столицу от нападений неприятелей. К XIV в. относится основание Златоустоустинского монастыря (Б. Златоустинский пер.). К «сторожам» Москвы относился и Новоспасский ставропигиальный монастырь (Новоспасская пл.). Поставленный первоначально князем Даниилом Александровичем близ нынешнего Данилова монастыря, он около 1300 г. переносится Иваном Калитой в Кремль, на Боровицкий холм и начинает именоваться великокняжеским. При Иване III он еще раз переносится — на этот раз в «Васильцевский стан», на берег Москвы-реки, около двора Сарских и Подонских епископов. Долгое время Новоспасский монастырь служил усыпальницей рода Романовых (до избрания на престол), о чем свидетельствуют 70 их погребений.
В XVII в. патриарх Филарет учредил Знаменский мужской монастырь, «что на старом государевом дворе» (Варварка).
К числу «сторожей» относился в прошлом Симонов ставропигальный монастырь (Симоновская слобода), освященный при Дмитрии Донском при непосредственном участии Сергия Радонежского и его племянника, архиепископа Ростовского Федора, а также Спасо-Андроньевский монастырь (Андроньевская пл.), устроенный в 1360 г. В честь иконы Донской Божьей Матери закладывается ставропигиальный мужской первого класса монастырь (Донская ул.).
Большинство остальных обителей своим появлением отмечали знаменательные исторические события. Сретенский мужской закладывает сын Дмитрия Донского, Василий I, в память сретения чудотворной иконы Владимирской Божьей Матери, Покровский миссионерский — царь Михаил Федорович в память кончины его отца, патриарха Филарета, в 1635 г.
Относительно новыми для Москвы обителями были монастыри Николаевский, Греческий, Афоногорский (Никольская ул.) и Никольский единоверческий (у Преображенского кладбища).