После 1807 года все изменилось. С годами численность Великой армии сильно возросла из-за притока в нее иностранного контингента: Итальянское королевство поставило для нее 218 000 солдат; Неаполитанское королевство — 60 000; Испания — 15 000; Конфедерация Рейна — 120 000; Швейцария — 10 000; Голландия — 36 000. К июню 1812 года Великая армия достигла невероятных размеров — 550 000 человек, из которых половина были иностранцами. Эта «армия двадцати языков», как ее прозвали в России, была первой многонациональной военной силой. Однако у нее были некоторые недостатки: каждый иностранный контингент оставил свои цвета военной формы; эти войска, зачисленные во французскую армию, передали под командование французским генералам; когда в штабе армии обсуждались подготовка и планы кампаний, иностранные офицеры высшего ранга на эти собрания не приглашались. В конце концов эта система организации исчерпала себя. Это стало очевидным во время германской кампании 1813 года, когда в битве при Лейпциге саксонский контингент вышел из-под повиновения и обратил оружие против французских солдат. После этого Наполеон отдал приказ о разоружении всех иностранных войск, которые еще находились во Франции, исключение составили четыре швейцарских полка и польские полки.
Конфликтные отношения между Францией и ее союзниками стали не единственной проблемой, препятствующей управлению Первой империей. В самом деле, развиваясь, руководящие звенья предоставляли гражданским администрациям гораздо больше полномочий, чем военачальникам. Однако Наполеон, в соответствии со своим характером и воспитанием, часто ставил на первое место не гражданских управленцев, а товарищей по оружию: «Там, где наше знамя, там Франция». Вскоре в его империи стала ощущаться нехватка администраторов, а не завоевателей. После многочисленных разбирательств в арбитражных судах императору удалось более или менее примирить эти две касты. По свидетельству современников, он в равной степени отчитывал или хвалил как гражданские власти (министров, префектов и т. д.), так и военачальников. И хотя в изгнании на острове Святой Елены Наполеон писал, что он «в конечном счете уверен, что для того, чтобы править, нужно быть военным: править можно только в сапогах со шпорами», все же гораздо раньше, а именно 1 декабря 1800 года Редереру он говорил совсем другое: «Если я умру года через три-четыре от горячки в своей постели и, чтобы закончить свой роман, напишу завещание, я посоветую своей нации опасаться военных правительств, я им посоветую избрать гражданский магистрат». Через два года на заседании Государственного совета он повторил эту свою мысль: «Нас 30 миллионов человек, объединенных Просвещением, собственностью и коммерцией; 300 000 или 400 000 военных — ничто перед таким количеством народа. Мало того что генералу для командования необходимы гражданские навыки и знания, он и сам, уйдя в отставку, возвращается в гражданское состояние. Солдаты — это всего лишь дети наших граждан. Армия — это нация. Если рассмотреть военного, не принимая во внимание его отношения с другими людьми, то можно убедиться, что для него не существует закона, кроме силы, он во всем полагается на нее, видит только ее. Человек гражданский, наоборот, думает только об общем благе… Военным свойственно все деспотически подчинять своей воле. Гражданские люди стремятся все обсудить, подчинить правде и разуму; у них другой взгляд на жизнь; они часто ошибаются, но в споре рождается истина. Если разделить людей на военных и штатских, пришлось бы создать два общества, тогда как мы принадлежим к одной нации».