На глазах у бывших соратников коллективная эпопея превратилась в личные приключения, когда интересы императора и его окружения разошлись. В Первой империи показатели, по которым можно судить о способности любой команды выстоять и преодолеть обычные и очень сложные препятствия (удовлетворение от работы, стремление к постоянному обучению, готовность к переменам и доверие), еще до «начала конца» упали до нуля. Прежде всего маршалам и министрам было все труднее мириться с тем, что они оказались простыми пешками на шахматной доске императора. Наполеон, преисполненный сознания исключительности своего положения, сокращал поле деятельности для министров и маршалов, не одобряя их проекты и планы, прилагая все меньше усилий для упрочения их авторитета. Генерал Тиар рассказывал о почти садистском удовольствии, которое Наполеон испытывал, видя замешательство, в которое одно его присутствие повергало подчиненных, занимающих самые нижние ступени иерархической лестницы: «Когда он замечал, что замешательство оказывалось результатом страха и того впечатления, какое производило на присутствующих его появление, его самолюбие ликовало. Это была мелочность, но от этого она не становилась менее реальной, и иногда это его свойство давало собеседнику возможность упрочить свое положение. Очень часто люди, занимающие высокие посты и обладающие исключительными способностями, настолько терялись, когда император вдруг обращался к ним, что в ответ не могли вымолвить ни слова. Таким людям он никогда не поручал важных дел. У его самолюбия был еще и другой перегиб. Он не мог понять, если кто-то из тех, кому посчастливилось приблизиться к его персоне, не пользовался этим. Так часто случалось со мной, поэтому, едва появлялась возможность улизнуть, не пренебрегая служебными обязанностями и не особенно нарушая условности, я старался вернуться к своим привычным независимости и свободе. На его взгляд, это было самым серьезным моим недостатком».
Вместо того чтобы создавать вокруг себя атмосферу смятения и замешательства, Наполеону следовало позаботиться о том, чтобы новому поколению передавались и закреплялись такие навыки, как способность самостоятельно и открыто мыслить, смелость в принятии конструктивных решений. Также следовало бы следить за тем, чтобы отличные от общепринятых мнения меньшинства не наказывались чересчур сурово. Многие офицеры потеряли мотивацию вследствие действительных или воображаемых ошибок, жертвами которых, по их мнению, они стали. Так, генерал Антуан Анри де Жомини, выходец из Швейцарии, ставший в 1808 году бароном империи, в конце концов покинул Великую армию. Во время войны в Испании Жомини был назначен начальником генерального штаба армии, которой командовал маршал Ней, сделавший его козлом отпущения всех своих промахов. Только значительные разногласия с Бертье, суть которых свелась к несостоявшемуся назначению Жомини бригадным генералом, стали причиной его перехода на службу в штаб российского императора Александра I во время перемирия, заключенного в 1813 году. Бертье не только отказался признать заслуги Жомини в победе при Баутцене, но даже арестовал его, обвинив в том, что тот не сумел привести вовремя в «чрезвычайное положение» армейский корпус, генеральный штаб которого возглавлял. Возможно, для Великой армии эта потеря была бы незначительной, если бы Жомини не стал впоследствии первым советником российского государя и наставником будущего Николая I. На самом деле Жомини попал в немилость сразу после Йенского сражения, когда он опубликовал свои, во многом пророческие, мемуары, в которых выступал против реставрации Польши. Эти мемуары Наполеон встретил очень враждебно. Письменные труды Жомини не впервые доставляли ему неприятности. Император уже собирался отдать приказ о конфискации «Трактата по великой тактике», в котором Жомини слишком тщательно проанализировал
Застарелая неприязнь и зависть очень часто становились причинами яростного соперничества между маршалами. Вражда накалялась до такой степени, что порой они принуждали себя общаться друг с другом только в присутствии Наполеона. В 1799 году Гувион-Сен-Сир во время битвы при Нови оставил на уничтожение дивизию генерала Ватрена, чтобы отомстить Макдональду. Когда его попросили вмешаться, он сухо ответил: «Очень неплохо преподать несколько уроков этим генералам армии Неаполя». Такое поведение заслужило неявное одобрение Наполеона, так как он назначил Гувиона маршалом, даже несмотря на то, что в глубине души считал, что тот оставил