Портреты из библиотеки герцога Федерико Монтефельтро

Оставшиеся в Базеле участники Собора приостановили полномочия папы Евгения IV. В ответ папа отлучил всех участников Собора от церкви. Италия разделилась. Флорентинцы, генуэзцы, позднее к ним присоединились венецианцы, поддерживали папу Евгения IV. Милан и Болонья были на стороне Собора. Любое падение власти вызывает передел собственности. На сей раз добычей стали церковные земли. Статус папы на тот момент был сомнительным. В разгоревшейся гражданской войне знаменитый кондотьер Пиччинино командовал миланскими войсками, воевавшими на стороне Собора. Две части его армии возглавляли сын Пиччинино Оттавиано и молодой Федерико Монтефельтро. После смерти Пиччинино Федерико оказался на службе у Франческо Сфорца, который, в свою очередь, состоял на службе у правителя Милана Висконти, то есть, во враждебном к папе лагере. За это Федерико был отлучён от церкви Евгением IV. (Отлучение снял папа Николай V в 1450 году.)

В январе 1439 года Евгений IV перенёс заседания, возглавляемого им Собора из Феррары во Флоренцию. Летом того же года во Флоренции делегации католической и православной церквей подписали унию или договор о единстве церкви.

Делегации достигли соглашения в тисках политического давления. Достаточно сказать, что военная угроза со стороны турок и надежда на помощь католических стран заставила византийцев уступить по многим религиозным вопросам. С другой стороны, на момент соглашения Базельский Собор отстранил папу Евгения IV от своих обязанностей. Для Евгения IV в обсуждаемых вопросах самым важным был пункт о главенстве папы, а не религиозные тонкости. Евгений IV обещал гораздо больше, чем мог выполнить. Никакой согласованной помощи Византии Европа оказать не могла.

Как показали дальнейшие события, подписанная уния для большинства верующих оказалась неприемлемой. Её враждебно приняли не только на Востоке, о чём говорится часто, но и на Западе, что упоминается гораздо реже. Реальное объединение церквей для Запада означало мировую войну, крестовый поход против мусульман, участвовать в котором никто не хотел.

В ноябре 1439 года Базельский Собор провозгласил Амадеуса VIII, герцога Савойского, папой римским. Схизма углубилась. В Европе работали не только два Собора, но и два папы.

Честь сообщить герцогу Савойскому о принятом решении выпала Энею Пикколомини. Новый папа принял имя Феликса V. Эней Пикколомини стал его секретарём и проработал с Феликсом V около трёх лет (1439–1442). Работая в Базеле, Эней Пикколомини написал своё первое историческое сочинение «Две книги комментариев к трудам Собора в Базеле» (De gestis concilii Basiliensis commentariorum libri II) В нём изложена история смещения папы Евгения IV и избрания папы Феликса V. Оба события Эней Пикколомини трактовал как исторические. Позднее он переписал свой труд, радикально изменив оценки (De rebus basiliae gestis commentarius). Его работы вместе с «Историей Собора в Базеле» (Historia gestorum generalis synodi basiliensis) Хуана Сеговийского (кардинала Феликса V) – единственные подробные свидетельства самих участников Собора в Базеле.

В 1440 году Эней Пикколомини продолжал отстаивать и пропагандировать идеи Собора. Он написал «Книгу диалогов по поводу власти Собора и работы Собора в Базеле» (Libellus dialogorum de generalis concilii authoritate et gestis basiliensium) Участниками диалога Пикколомини вывел Николая Кузанского, защищавшего позицию папы Евгения IV и Стефано Каччьа из Новары, секретаря Феликса V, выступавшего на стороне Собора. В своей книге Пикколомини рассуждал о важности гражданской позиции и моральной ответственности в выборе истинного папы и упрекал Кузанского за «переход на другую сторону». Кузанский ответил собственным трактатом «Диалог об ошибках Амадеуса» (Der Dialogus concludens Amedistarum errorem).

В начале 1442 года Эней как представитель Базеля и посланник папы Феликса V прибыл во Франкфурт к императору Священной Римской империи Фредерику III. В июле 1442 года Эней Пикколомини был коронован лавровым венком поэта из рук императора за собрание лирических стихов Nymphilexis. Пикколомини чрезвычайно гордился своими поэтическими достижениями. Спустя некоторое время Фредерик III предложил Энею место секретаря в имперской канцелярии. Феликс V не противился назначению, так как хотел иметь своего человека при императоре.