Папа Дамас благоволил Иерониму. Иероним составлял для Дамаса официальные письма, как на латинском, так и на греческом языках. После смерти Дамаса в 384 году Иероним, возможно, рассчитывал сам стать папой, но против него было много влиятельных священников, не одобрявших его аскетизма. В том же 384 году умерла Брезилла, и в Риме разразился скандал. Недоброжелатели обвинили Иеронима в доведении молодой женщины до смерти. В 385 году Иероним покинул Рим.
На короткое время самые близкие для Иеронима люди Павла и Евстохия остались в Риме. В письме с просьбой передать им привет Иероним писал: «Приветствуй Павлу и Евстохию – хочет не хочет мир – моих во Христе».
Спустя некоторое время Павла и Евстохия отправились на Восток. В Антиохии они встретились с Иеронимом и больше никогда не расставались. Вместе с ними Иероним посетил несколько монастырей в Египте и провел около месяца в Александрии, и зимой 385–386 года прибыли в Иерусалим. Некоторое время они жили в монастыре у Руфина и Меланьи.
Наконец летом 386 года Иероним со спутницами прибыл в Вифлеем. Павла на свои средства построила два монастыря – женский и мужской; в последнем настоятелем стал Иероним. В Вифлееме Иероним прожил более тридцати лет.
По прибытии в Вифлеем Иероним продолжил работу по исправлению перевода Ветхого Завета. Первоначально Иероним поставил себе задачу перевести на латинский язык текст Септуагинты, который считал боговдохновенным. Позднее Иероним пришёл к выводу, что боговдохновенным нужно считать только текст на еврейском языке и занялся переводом с еврейского оригинала.
Большим подспорьем для Иеронима служили так называемые «Гексаплы» Оригена. За сто лет до Иеронима Ориген проделал громадную работу по подготовке ветхозаветного текста Библии для комментариев. Он представил ветхозаветный текст Библии переписанным в шести параллельных столбцах: первые два столбца – еврейский текст, переданный еврейскими и греческими буквами, далее четыре известные в то время переводы на греческий язык, в том числе LXX. «Гексаплы» Оригена хранились в кесарийской библиотеке. От Вифлеема до Кесарии около девяноста километров, куда и выбирался время от времени Иероним.
Далеко не все христиане одобряли деятельность Иеронима по переводу Ветхого Завета с еврейского языка. Иеронима упрекали в самомнении и неуважении к Септуагинте. Примешивалось недоброжелательное отношение к иноверцам. В IV веке вражда христиан с евреями усилилась. Иероним переключился на еврейский текст Библии в 390 году, а двумя годами ранее, в 388 году, произошла история с поджогом синагоги, когда епископ Милана Амвросий горячо защищал поджигателей.
В посвящении своим друзьям новых переводов отдельных глав Библии Иероним возмущался тем, что его обращение к еврейским первоисточникам возбуждает невежественных людей и предлагал своим друзьям показывать переводы только просвещенным людям, которые смогут оценить его усилия.
Иероним был любопытен и въедлив. На несуразицы и нестыковки текстов Библии Иероним открыто указывал. Если о Мафусаиле написано, что он жил четырнадцать лет после потопа, но, однако не входил в ковчег с Ноем, то что-то тут было не так.
Несколько лет римские священнослужители и монахи игнорировали Иеронима и его труды. Официально общение возобновилось, после того как в Риме разразилась полемика крайних аскетов с неким Иовинианом. Горячий сторонник сурового аскетизма, Иовиниан проповедовал и сам придерживался практики аскетизма. Измождённый от недоедания, он ходил босиком в грязном чёрном одеянии, и всячески избегал общения с женщинами. Внезапно что-то с ним произошло. Он решительно изменил свои взгляды. Иовиниан раскритиковал всю концепцию более совершенной жизни, достигаемой аскетизмом. Иовиниан говорил, что умерщвление плоти не имеет отношения к истинному христианству. Сам он стал вести нормальный образ жизни и утверждал, что если человек искренне принял крещение, то нет никакой разницы, женат ли он, вдовец или воздерживается от женитьбы. Христиане, искренне принявшие крещение, не могут попасть в услужение дьяволу. Если они согрешат, их грех может быть смыт раскаянием. Христиане, умерщвляющие себя постами никак не выше христиан, нормально питающихся и воздающих хвалу Господу. А ещё Иовиниан говорил, что Дева Мария, хотя и зачала Христа в девственном состоянии, потеряла девственность, когда его рожала. К тому же в священных книгах есть указания, что у Христа были братья и сестры.
Римский синод отлучил Иовиниана от церкви. Иовиниан обратился в Милан, ища защиты, но не нашёл никакой поддержки от ярого сторонника девственности епископа Амвросия. В Милане Иовиниана отлучили от церкви во второй раз.