Инвесторы всех классов и национальностей получили право стать держателями акций с минимальным подписным взносом в 20 крузадо. Компания обязывалась снаряжать и поддерживать флот в 36 военных судов, разделенный на две эскадры, которые должны были конвоировать все суда, курсировавшие между Португалией и Бразилией; конечными портами назначения были Порту и Лиссабон в Европе и Ресифи (после того, как он был отвоеван в 1654 г.), Байя и Рио-де-Жанейро в Америке. Взамен компании было дано монопольное право на поставку в Бразилию, помимо завоза рабов, четырех основных товаров – вина, муки, оливкового масла и трески. Она также была уполномочена взимать пошлины со всего бразильского экспорта, начиная от 100 рейсов за невыделанную шкуру до 3400 рейсов за ящик белого сахара. Предусматривалось освобождение компании от уплаты налогов по многим товарам и от таможенного сбора в Португалии и выделение короной участка земли в Лиссабоне для строительства складов. Капитал, инвестируемый в компанию, не мог быть конфискован инквизицией или по решению какого-либо суда; даже в случае войны между Португалией и страной, гражданином которой был инвестор, его вклады и его доходы не могли быть конфискованы. Невозможно назвать точную цифру иностранных инвесторов, но их акции активно предлагались к продаже в Амстердаме, Париже и Вене. Основная часть всего капитала, который оценивался в 1 миллион 255 тысяч крузадо, принадлежала купцам из «новых» христиан Лиссабона в основном в виде принудительных займов. Восточно-Индийская компания, несмотря на все усилия Виейры, так и осталась на стадии проекта.
С самого начала компания подверглась ожесточенной критике на обоих берегах Атлантики, и не только со стороны неистовых антисемитов, которых было много во всех классах португальского общества. Компания не смогла собрать достаточно средств на содержание 36 военных кораблей, а через несколько лет – и конвоя. Решающая роль «новых» христиан в организации и управлении компанией вызывала подозрительное отношение набожной католической нации; и широко распространилось поверье, что Жуан IV умер, лишенный причастия, поскольку пренебрег в этом деле мнением инквизиции. В то время как Лиссабон и Порту получили прямую выгоду от судоходства, так как к этим двум портам было приписано большинство судов компании, многие малые гавани от Каминьи до Лагуша лишились возможности вести морскую торговлю. Именно она была основным занятием местных жителей на протяжении нескольких поколений и давала им возможность хотя бы скудного существования. Мелкие купцы и шкиперы с каравелл были вытеснены монополистами криптоиудеями и оптовыми торговцами Лиссабона. Но наибольшую критику вызывала неспособность компании снабдить Бразилию четырьмя основными импортными товарами – вином, мукой, оливковым маслом и треской – в достаточном количестве и по умеренным ценам. Португальский посол в Париже писал королю Жуану IV, когда еще только обсуждались планы создания компании: «Установление монополии на товары, которые удовлетворяют потребности повседневной жизни, всегда, как оказывается, наносят явный ущерб репутации тех монархов, которые дают на это свое разрешение. Хотя королевское казначейство и получает от этого какой-то доход, но тот вред, что она приносит простым людям, значительно превосходит ее строго ограниченные преимущества».
Постоянные жалобы колонистов получили горячую поддержку большинства губернаторов колонии и важных королевских чиновников. Влияние Виейры на двор резко уменьшилось во время его отсутствия, когда он был миссионером в Мараньяне, а в ноябре 1656 г. Жуан IV скончался. Несколько месяцев спустя компания потеряла право на невмешательство в ее дела инквизиции, и в 1658 г. монополия на четыре основных товара, поставляемые в Бразилию, была отменена. Вслед за дальнейшими ограничениями привилегий компании последовала ее передача короне в 1664 г., держатели акций получили компенсацию в виде вкладов в королевскую табачную монополию. После реорганизации она продолжала действовать как государственная компания Companhia Geral do Comercio do Brasil, задачей которой было обеспечивать конвои бразильским кораблям. Однако в феврале 1720 г. она была упразднена королевским декретом.