С финансовой точки зрения идея Антониу Виейры не оправдала ожиданий. Кроме того, что собрать полностью по подписке планируемые первоначально денежные суммы так и не удалось, португальские евреи-изгнанники и в Амстердаме, и повсюду весьма скромно инвестировали в компанию, и она только один раз выплатила дивиденды (в 15 %) до своей реорганизации в 1662–1664 гг. С другой стороны, система конвоев, начавшая действовать в 1649 г., значительно сократила количество потерь от рук голландцев и других корсаров. Отвоевание Ресифи и изгнание голландцев из последних удерживаемых ими крепостей на северо-востоке Бразилии в январе 1654 г. было обязано тому, что флот компании временно получил командование на море. Компания была также ответственна за рекрутирование отряда моряков для службы в ее конвойном флоте и их содержание. Этот отряд под популярным названием «полк хунты» продолжал существовать и после 1720 г.
К сожалению, мы не располагаем списками кораблей бразильского флота на каждый год до XVIII в., хотя названия практически всех судов, плававших на пути в Индию, сохранились в той или иной форме. Но если в индийском флоте во второй половине XVII в. ежегодно находилось в плавании только два, три или четыре судна, бразильские флоты этого времени насчитывали более ста судов, численно превосходя современные ему испанские флоты. Суда были самого разного типа, и, несмотря на правила 1648–1649 гг., которые регулировали размер и вооружение корабля, некоторые из них были плохо снаряжены. Командир четырех английских военных кораблей, которые в июле 1656 г. встретили недалеко от португальского побережья бразильский флот в 107 судов, сообщал, что «это были самые жалкие суда, которые я когда-либо видел. Я уверен, что 12–14 крепких фрегатов одержали бы над ними верх и взяли бы всю возможную добычу». Такая судьба и выпала на долю бразильского флота в 1650 г., когда его перехватили капитаны Блейк и Попхэм, а в 1657 г. де Рейтер. Тем не менее система конвоев по мере ее развития привела к строительству больших и надежных кораблей для бразильской торговли на обоих берегах Атлантики, не говоря уже о фрахте значительного числа иностранных торговых судов.
Плавание из Лиссабона в Байю занимало в среднем около двух с половиной или трех месяцев; немного меньше времени требовалось, чтобы доплыть до Ресифи и немного больше – до Рио-де-Жанейро при благоприятной погоде и попутном ветре. Понятно, что переход в 2–3 месяца до Бразилии сильно отличался от путешествия в Индию, длившегося от 6 до 8 месяцев на переполненной каракке, в условиях свирепствовавшей на борту цинги и дизентерии. Природа, как правило, благоприятствовала плывшим в Бразилию, хотя суда, вышедшие из порта в неподходящий сезон, рисковали попасть в область штилей в экваториальном поясе или (на обратном пути) испытать на себе в конце осени и начале зимы силу неистовых штормов на широте Азорских островов. «Июль и август – самые лучшие порты полуострова», – заметил великий испанский адмирал дон Фадрике Альварес де Толедо. В 1690 г. королевским декретом было определено, чтобы бразильский флот каждый год выходил из португальских портов между 15 декабря и 20 января, а из Бразилии отплывал между последними числами мая и 20 июля. Последовавшие за этим декреты меняли сроки начала плаваний, но в действительности соблюдали их редко. Вице-король граф де Сабугоза жаловался в 1732 г. монарху, что купцы и капитаны фрегатов конвоя предпочитают отправляться в плавание, не принимая в расчет указанные сроки, но тогда, когда это необходимо в интересах их торговли. В этот период бразильские флоты были организованы в три отдельных конвоя, плавая соответственно из Лиссабона в Рио-де-Жанейро, Байю и Пернамбуку. Все эти флоты везли в Португалию золото, сахар, табак, кожи и лес, но самым богатым был флот из Рио. В этот порт стекалось золото с месторождений Минас-Жерайса, Гояса, Куябы и Мату-Гросу, а также серебряные монеты из Перу, доставляемые контрабандным путем через Сакраменто. Каждый флот сопровождали от одного до четырех военных кораблей. Золото, независимо от того, принадлежало ли оно короне или частным лицам, должно было перевозиться только на борту военных кораблей. Флоты прекратили свое существование в 1765 г. и появились вновь на краткое время в 1797–1801 гг.