Короли Португалии, будь то представители Ависской династии, испанских Габсбургов (1580–1640) или династии Браганса, упорно защищали свои, без сомнения, обширнейшие привилегии, которые давал им патронат. Но одновременно они помнили об обязанностях, которые из этого вытекали. Не было также недостатка в прелатах и миссионерах, которые были готовы напомнить правящему монарху о его долге перед миссиями. Убеждение в том, что Португалия была нацией миссионеров, которая в своем миссионерстве шла впереди всех других стран западного мира и была истинным Alferes da Fe, то есть «знаменосцем веры», как гордо называл ее поэт и драматург Жил Висент (Висенти), было широко распространено среди всех классов общества. Эту мысль выразил Антониу Виейра в письме из миссии в Мараньяне к молодому королю Афонсу VI в апреле 1657 г.: «Цель других королевств христианского мира – это защита своих вассалов с тем, чтобы достичь временного счастья в этой жизни и вечного блаженства в будущей. А королевство Португалия, кроме этой цели, общей для всех, имеет свою особенную – проповедь и распространение католической веры в языческих землях, ради чего Господь и призвал ее в этот мир. И чем настойчивее Португалия стремится к этой цели, тем больше появляется уверенности в ее дальнейшем существовании; и чем больше она отклоняется от нее, тем более опасным и сомнительным становится ее будущее».
Это письмо, вероятно, не могло впечатлить 14-летнего безграмотного паралитика, недавно вступившего на трон. Однако, за исключением этого несчастного монарха, все другие правители относились к своим миссионерским обязанностям вполне серьезно. Конечно, они не могли согласиться с мнением епископа Кочина, который заметил о миссии на Цейлоне около 1606 г., «что это я, а не король, несу ответственность за нее в час смерти и на Страшном суде». Бесчисленные королевские депеши, приходившие вице-королям, губернаторам и епископам, начинались следующей фразой: «Ввиду того что первая и основная обязанность королей Португалии – это способствовать делу обращения в христианство всеми средствами, имеющимися в их власти…» Если иногда ее рассматривали как чисто формальный оборот речи, то гораздо чаще она выражала искренние намерения. Вице-короли, губернаторы и административные учреждения, такие как муниципальный совет Гоа, нечасто жаловались на то, что король тратит слишком много местных ограниченных средств на церковь и миссии, даже во время войны или острого экономического кризиса.
Следует признать, что монархи из Ависской династии не торопились создавать эффективную церковную иерархию в колониях. Первые португальские открытия в Африке и Азии пришлись на то время, когда властью в церкви обладал орден Христа (с резиденцией в Томаре), пока в 1514 г. не была учреждена епископия в Фуншале на Мадейре. Несмотря на удаленность этого острова в Атлантическом океане от мест активной миссионерской деятельности португальцев в Азии, менее чем через 20 лет был образован самостоятельный диоцез в Гоа, юрисдикция которого распространялась на земли, протянувшиеся от мыса Доброй Надежды до Китая. Только в 1557 г. в Гоа появился архидиоцез, в который вошли епархии Кочина и Малакки, а затем (в 1575 г.) и Макао. Подобная медлительность является резким контрастом быстрому развитию Patronato Real в Испанской Америке, где на Антильских островах еще до 1515 г. уже полностью сложилась церковная иерархия, а в 1548 г. в Мехико был уже архидиоцез. Как уже говорилось ранее, настоящее бурное развитие португальских миссий в Азии начинается с прибытия иезуитов, которые были самыми доблестными представителями и поборниками интересов Padroado на протяжении следующих двух столетий.