Португальская гордость и патриотизм категорически отторгали подобное папское отношение, и монархи из династии Браганса всячески сопротивлялись этому и упорно защищали права своего патроната. Король Жуан IV достаточно корректно утверждал, что португальская монархия никогда не пыталась препятствовать туземцам-миссионерам в осуществлении своей миссии в рамках португальского патроната. Требовалось исполнить лишь некоторые условия – иметь на это разрешение португальского короля, отправляться в плавание на португальских кораблях и подчиняться португальскому правительству в лице их провинциальных чиновников и начальников религиозных общин (что касалось и миссионеров-португальцев). Это было вполне справедливо, стоило только вспомнить наиболее известных деятелей в истории португальской миссии, таких как Ксаверий, Валиньяно и Риччи на Востоке, Аншиета и Меаде в Бразилии. Португальские монархи настаивали, что окончательный выбор миссионеров должен быть их прерогативой, а не Рима. Они заявляли, что могут отказать тем кандидатам, которых найдут не подходящими для проведения миссии или потенциально нелояльными, например испанцев, а при случае итальянцев, фламандцев и других, которые пришли из стран, находившихся под контролем испанской короны во время Войны за независимость Португалии 1640–1668 гг. Равным образом можно понять и то, что папство не собиралось соблюдать вполне обоснованные, но угрожавшие его влиянию требования со стороны португальского патроната, и настаивало на посылке миссионеров по собственному выбору в те области Африки и Азии, которые не находились под португальским владычеством.
Возраставший контроль папы за миссиями осуществлялся в первую очередь через Священную Конгрегацию пропаганды веры, основанную в Риме в 1622 г., и также посредством учреждения различных французских и итальянских миссий в Африке и на Востоке. Первый секретарь этой конгрегации итальянский священник Франческо Инголи, который занимал этот ключевой пост в течение 27 лет, был настроен против португальцев и резко критически отзывался об иезуитах. Он положил много времени и трудов, изучая донесения об условиях работы миссий португальского патроната, всецело полагаясь на сведения, полученные от христианина из Гоа, в прошлом брахмана, Матеуша ди Каштру. Среди многочисленных грехов деяния и недеяния, в которых Инголи обвинял португальский патронат и его приверженцев, были право короля назначать служителей церкви; уравнивание в правах королевских указов и папских посланий; выделение недостаточных средств на содержание церквей; существование вакантных епископских кафедр; нежелание епископов поставлять в священники уроженцев Азии, даже когда последние имели для этого все предпосылки и необходимое образование, как, например, брахманы из Гоа; насильственное крещение язычников; отказ иезуитов сотрудничать с другими монашескими орденами и вытекавшие из этого факта случаи давления на новообращенных. Некоторые епископии в патронате были настолько обширными, что епископы не могли в полной мере выполнять свои духовные обязанности, даже если и прилагали к этому усилия. И последнее, но не менее важное критическое замечание, высказанное в адрес португальцев, – это то, что они уделяли повышенное внимание внешним церковным обрядам и церемониям, но пренебрегали духовным развитием каждого члена церкви.