Некоторые критические утверждения были явным преувеличением (Матеуш ди Каштру совсем не был беспристрастным свидетелем), другие несправедливы (Рим отказывался признавать независимость Португалии и посвящать в епископы португальцев между 1640 и 1668 гг.), но несколько замечаний были действительно верны. Более того, они подкреплялись подобной информацией из других источников, таких как свидетельство Антонио Альбергати, папского сборщика налогов в Лиссабоне в 1623 г. Он уверял, что жестокое и аморальное поведение португальцев в Африке и Азии являлось большим препятствием в деле обращения в христианство. По его словам, португальские священники, как приходские, так и из среды монахов, обладали невысоким интеллектуальным уровнем, хотя это не касалось иезуитов, и больше беспокоились о своих меркантильных интересах, чем о деле миссии. Он высказал мысль, что единственное средство покончить с этим достойным сожаления положением вещей – это начать подбирать миссионеров другой национальности, не португальцев, и отправлять их в Азию по суше через Сирию и Персию (Иран). Его предложение было принято не сразу, но во второй четверти XVII в. под его влиянием в Риме сформировалось критическое отношение к португальскому патронату, особенно его структурам в Азии, и не только среди кардиналов Конгрегации пропаганды веры. В 1658 г. с ее одобрения и благословения папы в Азию отправились первые апостолические священники, члены нового миссионерского общества Франции Societe des Missions Etrangeres de Paris (Общество иностранных миссий Парижа). Вслед за ними отправились многие другие миссионеры, в основном французы и итальянцы, которые подчинялись только Святому престолу и совершенно не зависели от португальского патроната. Самые первые апостолические священники становились титулярными епископами in patribus infidelium (в стране неверных), и одной из их основных задач было формирование местного клира на территориях, которые не были заняты португальцами.
Король Жуан IV, не прошло и года со дня его восшествия на престол, выслал распоряжение в Гоа вице-королю и архиепископу, запрещавшее принимать миссионеров, которые находились под покровительством Конгрегации пропаганды веры, но лишь только тех из них, кто приезжал в азиатские колонии через Лиссабон и с разрешением короля. Любой миссионер, не имевший при себе документов с пометой Regium placet и оказавшийся на португальской территории, должен был быть арестован и депортирован в Лиссабон с первым же отправлявшимся в столицу кораблем. При этом предписывалось уважительно относиться к миссионеру из-за его сана. На протяжении следующих 50 лет приходили подтверждения этому приказу, но строгость его исполнения зависела от обстоятельств. Отец Антониу Виейра с одобрением отнесся к поступку своего приятеля графа Сан-Висенти, вице-короля Индии в 1666–1668 гг., который незадолго до своей смерти написал письмо кардиналу Орсини в Рим. В нем он официально заявил, что «если в Индию приедут епископы без согласия короля Португалии, то они будут прилюдно повешены в Гоа, даже если потом конгрегация объявит их мучениками. И пусть ни Его Святейшество, ни конгрегация не думает, что эти миссионеры смогут убежать, потому что у него много солдат и военных судов». Два прелата в итоге были высланы в Лиссабон в 1652 г., но, с другой стороны, португальцы в Гоа в 1664 и 1684 гг. предоставили убежище нескольким апостольским викариям, которых преследовали мусульманские и индуистские правители на континенте.