Первый вызов патронату был брошен испанскими миссионерами-монахами на Филиппинах, где они появились в 1565 г. Многие из братьев рассматривали эти острова как стартовую площадку для начала более важной миссионерской деятельности в Китае и Японии, где с 1549 г. вели проповедь исключительно португальские иезуиты. Испанские миссионеры нищенствующих орденов впервые попытались нарушить эту монополию в последней четверти XVI в., но прошло еще много лет, прежде чем они получили окончательное согласие Мадрида и Рима. Король Испании Филипп II (португальский король Филипп I) отдавал себе отчет в сомнительной лояльности своих новых подданных и в общем и целом согласился с мнением португальских советников, что две империи Дальнего Востока должны стать полем деятельности только иезуитских миссионеров португальского патроната. Его преемник Филипп III (или, вернее, герцог Дерма, правивший от его имени) был не намерен потворствовать португальцам; он был готов прислушаться к настойчивым требованиям своих соотечественников. В 1608 г. с согласия иберийских монархий папа Павел V аннулировал португальскую монополию на миссионерскую проповедь в Азии, тем самым предоставив испанским нищенствующим орденам возможность отправиться туда, куда ходили португальские корабли. В 1633 г. подобное разрешение было дано другим монашеским орденам, а в 1637 г. – обычным священникам. Все эти меры просто узаконили то, что давно происходило на практике.
Одним из самых сильных аргументов испанских монахов в критике монополии португальцев и иезуитов на миссию на Дальнем Востоке был тот факт, что, как бы ни хотелось этого, ни Португальское королевство, ни Общество Иисуса не могли дать необходимое количество проповедников для спасения душ язычников. Иезуит Нину да Кунья, неофициальный посланник Жуана IV в Риме, сообщал королю в 1648 г. о своей беседе с папой Иннокентием X. Его святейшество «утверждал, что на завоеванные Португалией земли не обращали никакого внимания и что только в Конго требовалось прислать 60 миссионеров. Нужда в миссионерах в Индии и других завоеванных странах столь велика, что, по самым надежным сведениям, даже если по приказу Его Величества туда направили бы всех португальских монахов, потребность в миссионерах все равно будет удовлетворена в наименьшей степени. Он добавил, что, даже если я и попытаюсь оспорить это утверждение, мне придется оспорить самоочевидную истину. Это лишь докажет, что я не озабочен сутью дела и не понимаю, что патронат над завоеванными землями был установлен только ради спасения человеческих душ».
Папа Иннокентий X продолжал утверждать, подобно трем своим непосредственным предшественникам, что монополия Португалии на миссионерскую деятельность была неэффективна и изжила себя и что другим европейским странам надо разрешить отправить своих миссионеров в Америку и Азию, не допуская вмешательства португальцев.
Довольно равнодушное отношение большинства пап эпохи Возрождения к заморским миссиям нисколько не разделялось их преемниками в XVII в. Урбан VIII (1623–1644), в частности, был горячим сторонником дела миссии. К этому времени папы поняли, что обширные привилегии, которыми они так щедро одарили португальский и испанский патронаты, во многом причиняли одни неудобства и подрывали папский авторитет. Папы ничего не могли поделать с Испанской империей в Африке, в которой короли Испании твердо проводили политику своего патроната вплоть до возникновения движения независимости в начале XIX в., подобно тому как это делали короли Португалии, представители Габсбургов или из дома Браганса в Бразилии. Но положение португальцев в Африке и Азии стало более уязвимым после того, как голландцы и англичане покончили с их монополией на море. Тем самым папство в XVII и XVIII вв. на этих двух континентах смогло лишить португальский патронат ряда прав, а другие значительно ограничить. Урбан VIII и его преемники оправдывали свои действия не только неспособностью Португалии обеспечить миссии достаточным персоналом, но и другой, более специфической причиной. Именно тем, что дарованные первоначальные привилегии для проведения миссии касались только тех земель, которые имели эффективное португальское управление, но они не действовали в независимых азиатских и африканских королевствах.