К несчастью для «новых» христиан, после 1530 г. они уже больше не могли рассчитывать на поддержку королевской власти, которая с этого времени приняла сторону их гонителей. Король Жуан III, убежденный в реальности криптоиудейской угрозы, настоял на создании в Португалии инквизиции. Святой престол после долгих колебаний и в результате закулисных интриг поддержал это решение. В течение 20 лет португальское отделение Святой канцелярии стало на место закона. В ее дела не могли вмешиваться епископы, и ее мнение имело решающее значение для гражданского и церковного суда. Основные трибуналы инквизиции находились в Лиссабоне, Эворе и Коимбре. Они рассматривали в судебном порядке протестантскую и другие ереси, ведьмовство и магию, двоеженство, содомию и пр. Помимо этого осуществлялась строжайшая цензура печати. Однако основные усилия с 1536 по 1773 г. были направлены на обнаружение и искоренение всех следов иудаизма. В качестве инструмента преследования португальская инквизиция была более действенной и более жестокой, чем печально известная испанская инквизиция. Так считали жертвы преследований обеих организаций. Люди, чьи дела рассматривались в трибуналах, никогда не знали ни имена обвинителей, ни конкретно в чем их обвиняли по тайному доносу. С целью вырвать признание в действительной или мнимой вине прибегали к уговорам и угрозе применения пыток, стремясь заставить оговорить других, начиная с близких.
Значительная часть дел португальской инквизиции пропала после ее окончательного запрета в 1820 г., но из них в архивах Лиссабона все еще хранится свыше 36 тысяч, относящихся к 1540–1765 гг. По неполным данным, около 1500 человек были приговорены к смерти через гарроту и/или к сжиганию на костре, а затем «переданы» (согласно лицемерному и иносказательному выражению инквизиторов) для исполнения приговора государственным властям. Как видно, это очень скромная цифра, если сравнить ее с миллионами погибших в холокосте, в ходе гитлеровского «окончательного решения еврейского вопроса». Однако вред, причиненный инквизицией и ее судебными процессами, не может оцениваться только по статистике вынесенных смертных приговоров. Тысячи умерли в тюремных застенках, сошли с ума, так и не дождавшись вынесения приговора. Каждый, кто провел какое-то время в тюрьме инквизиции и не был полностью оправдан (что случалось очень редко), уже в силу данного факта считался зараженным еврейской кровью, что автоматически распространялось на всех членов его семьи. Семьи арестованных обычно выбрасывались на улицу и неизвестно, чем должны были зарабатывать себе на пропитание. Для сбора необходимых улик инквизиция выплачивала денежное вознаграждение своим информаторам и добровольным доносчикам. Платили обыкновенным завистникам, кто донес на мужчину или женщину, что те оделись в чистую одежду в субботу. Никто не мог считать себя в безопасности от анонимного доносчика, кроме титулованной знати, священников и самых необразованных деревенских мужланов. Как следствие этого, португальское общество на протяжении более двух столетий разъединялось недоверием и подозрительностью. Посмотреть на медленную и мучительную смерть «новых» христиан на костре в аутодафе стекалось множество зевак, которые испытывали то же самое садистское удовольствие, что и их современники во время общественных казней на «Тайбёрнском дереве» в Англии.