В 1588 г. всем подданным, происходившим из «новых» христиан (вплоть до четвертого колена в одних случаях, до седьмого – в других), официально и на законных основаниях отныне было запрещено занимать любые должности в церкви, армии и административных органах управления, если только они уже не были, будучи членами духовно-рыцарских орденов, муниципальными советниками, учредителями домов милосердия и т. д. После 1623 г. запрет распространился на все преподавательские посты в университетах и колледжах, юристы и врачи из «новых» христиан также систематически подвергались дискриминации. Эти ограничения не всегда действовали с одинаковой эффективностью в том или ином месте и во все времена. «Новым» христианам все-таки удалось проникнуть на различные запретные для них посты и занять отдельные должности, особенно в отдаленных районах империи, таких как Сан-Паулу в Бразилии и Макао в Китае. Но они не могли чувствовать себя в полной безопасности, и когда о подобных случаях становилось известно в обществе, это только усиливало предвзятое к ним отношение. На протяжении почти всего этого периода эмиграция «новых» христиан и перевод их капиталов за границу в другие страны (иногда в различные области Португальской империи) были строго запрещены. Иногда эти запреты отменялись в обмен на колоссальные взятки или субсидии короне, которые выплачивали в основном торговые общины «новых» христиан Лиссабона, как это было, в частности, когда они предоставили заем португальскому королю Себастиану для подготовки экспедиции в Марокко в 1578 г. Но корона всегда отказывалась от сделки, когда получала всю или часть требуемой суммы, так что эти послабления продолжались недолго. Несмотря на все трудности, многим из наиболее предприимчивых предпринимателей и купцов из среды «новых» христиан удавалось эмигрировать со всем или частью своего капитала. Так Португалия лишалась наиболее ценных своих граждан, чья энергия, предприимчивость и капиталы способствовали обогащению соперников Лиссабона в торговле, таких городов, как Антверпен, Амстердам и Лондон.
Правовая и общественная дискриминация «новых» христиан и неукоснительное следование принципу «чистоты крови»