Несмотря на фискальную политику властей, португальские правители так и не смогли добиться превышения доходов над расходами в течение продолжительного времени, даже во время золотого века короля Мануэла и короля Жуана V. Во время правления этих монархов доходы королевства значительно увеличились за счет торговли, в первую очередь азиатскими пряностями, а также продажи бразильских золота и алмазов. Но все равно расходная часть бюджета была значительно большей. Иллюзия большого достатка, которую породили безудержные траты обоих монархов, ослепила большинство их современников, но золотом было не все то, что блестело. На протяжении почти всего XVI в. монархия пользовалась большими займами, предоставленными банкирами под залог импорта перца в будущем. Показная расточительность Жуана V объяснялась сокращением затрат на нужды армии и флота и других государственных учреждений, и изменила положение, да и то частично, только опасность войны с Испанией в 1735–1737 гг. Как и в случае с другими империями, при старом режиме португальская монархия была не в состоянии выплачивать достойное жалованье своим чиновникам.
Поэтому чиновники в колониальных владениях получили негласное позволение заниматься выгодной для себя торговлей. Это предполагало, что «частная торговля» не будет первенствовать и не повредит официальной торговле, которая велась через фактории и таможни, расположенные в основных портах Португальской империи. Иногда в некоторых местах капитаны (коменданты) или губернаторы вели всю торговлю самостоятельно, заключив договор с короной. В таком случае им платили меньше на протяжении всего трехгодичного срока пребывания во власти. Комендант Мозамбика рассказывал в 1677 г. голландскому шкиперу: «Мы, как частные предприниматели, не можем продать ни один товар, как только ему. И потому, что он тоже купец, он купит наши товары за золото или слоновую кость, и при этом мы предоставляем ему список наших товаров». Конечно, эта система монополий и ограниченной частной торговли на практике неизбежно порождала злоупотребления. Колониальные губернаторы и высшие чиновники становились негласными партнерами в коммерческих сделках и кредиторами. Жалобы на жадность и продажность правительственных чиновников в общем и комендантов африканских и азиатских крепостей в частности являются основной темой в официальной и неофициальной корреспонденции на протяжении более трех столетий.
Не все колониальные губернаторы были столь же продажны и циничны, как дон Альваро де Норонья, комендант Ормуза в 1551 г. Он хвастался тем, что если его предшественник, отпрыск рода Лима, получил со своего места доход в 140 тысяч пардао, то он соберет денег еще больше. Но другие губернаторы были не менее алчны, людей честных на этом посту было наперечет. Подобная система «кормлений» особенно процветала в отдаленных областях империи, влияние вице-короля и чиновников короны было крайне незначительным и запоздалым. Капитан Жуан Рибейру, прослуживший на Цейлоне и в Индии 19 лет, рассказывал в 1685 г.: «Я не сомневаюсь, что среди тех, что были комендантами крепостей, были люди достойные, но они не могли ничего поменять в сложившейся ситуации. Беды, виновником которых был один человек, помнятся гораздо дольше, чем добро, совершенное сотней добропорядочных людей». Когда Педру де Мелу ушел с поста капитана Рио-де-Жанейро в 1666 г. после трехлетнего правления, Совет по делам заморских территорий в Лиссабоне поставил монарха в известность, что, по общему мнению всех советников, он был единственным колониальным губернатором, к которому не было выдвинуто никаких претензий. Два года спустя те же советники сокрушенно докладывали королю: «Нет предела грабежу и другим преступлениям, которые совершают многие губернаторы, так что их надо не только судить, но и обезглавливать прямо на месте». Когда король Жуан IV спросил священника Антониу Виейру, не следует ли разделить большую по территории колонию Мараньян-Пара на два губернаторства, известный иезуит ответил ему, что лучше оставить все как есть, «так как один вор на государственной службе меньшее зло, чем два».