Рукоположенный священник имел особое привилегированное положение в португальском обществе, что нашло выражение в народной пословице: «Самый плохой священник лучше, чем самый хороший мирянин». То, что высшее образование находилось в руках церкви, еще больше укрепило положение духовенства в обществе. Более того, церковь предоставляла больше возможностей для быстрого продвижения по социальной лестнице способному и честолюбивому юноше, выходцу из бедной семьи. При условии, что он мог доказать свою принадлежность к «старым» христианам, что касалось всех начиная с 50-х гг. XVI в. Самое высокое положение в церкви сохранялось за сыновьями и племянниками монархов с благословения римского первосвященника, независимо от того, были они законнорожденными или нет. Вторые сыновья высшей аристократии также могли сделать карьеру в церкви, как и в других странах. Даже глубоко благочестивый король Жуан III, который просил папский престол в Риме изменить свое отношение к непотизму и покончить с этим явлением, и тот продолжал материально поддерживать епархии и аббатства, чтобы, при случае, во главе их можно было поставить отпрысков аристократических родов, зачастую совсем не подходивших для этой роли.
Несмотря на то что духовенство было более образованным, чем миряне, имелись множественные исключения из этого правила, особенно в глухой сельской местности, где были бедные приходы, и между ними не существовало никакой конкуренции. Архиепископ Браги после посещения сельских приходов своего диоцеза сокрушался в 1553 г. о том, какой «вред несет с собой невежество большей части духовенства». Его преемник на кафедре, занявший его место семь лет спустя, блаженный Бартоломеу душ Мартиреш, горько сетовал, что «во время нашего посещения большей части архиепископии мы обнаружили, кроме всего того, что нам было уже известно, настоятельнейшую потребность в образованных проповедниках Слова Божиего и катехизаторах, как среди священников, так и мирян». Особенно это касалось горной провинции Траз-уш-Монтиш. Иезуиты утверждали, что сельские жители Бейры нуждались в элементарном религиозном образовании и что в этом отношении они ничем не отличались от вывезенных из Гвинеи негров-рабов. Духовные семинарии, основанные согласно решениям Тридентского собора, а также проповеди иезуитов, часто убеждавших своим личным примером праведной жизни, в какой-то мере улучшили положение дел. Но низкий интеллектуальный уровень большинства португальского духовенства, как в самой стране, так и в ее колониях, продолжал и в дальнейшем вызывать нарекания. В 1736 г. дон Луиш да Кунья зашел в своих высказываниях столь далеко, что начал сожалеть об отсутствии протестантской общины в Португалии, так как именно вызов, брошенный гугенотами католическому духовенству Франции, не позволил ему опуститься до «убогого» уровня его португальского собрата.
Положение церкви в португальских колониальных владениях было зеркальным отражением дел в стране. Мы уже говорили, что именно иезуиты поддерживали миссионерскую проповедь на более высоком уровне, чем их коллеги из нищенствующих орденов и белого духовенства. Осознававшие свое моральное и интеллектуальное превосходство, тесно связанные esprit de corps (кастовым духом), чем иезуиты гордились, они легко могли оскорбить любого из простых людей своим высокомерным к ним отношением. В 1639 г. некий брат-мирянин, изгнанный из Общества, открыто говорил, что самый последний повар у иезуитов был более толковым теологом, чем любой образованный францисканский монах. В 1605 г. два испанских монаха-доминиканца с Филиппин, прожившие некоторое время в Гоа, на обратном пути в Европу сообщали, что, хотя иезуиты и прибегают к некоторым спорным миссионерским методам, никто не осмеливается на их открытую критику, поскольку сила и влияние иезуитов на португальское правительство опасно велики. «Вице-король полагает, что если иезуиты будут его лучшими друзьями, то ему не нужно будет искать других агентов влияния при дворе Его Величества, а если, неожиданно, они станут его врагами, тогда против него ополчится весь мир». Иезуиты не обращали особого внимания на критику доминиканцев, хотя подобные жалобы можно было услышать и от муниципальных советников и францисканцев в Гоа. «Заостренный кончик гусиного пера иезуита более опасен, чем острие арабского меча», – гласила пословица в Португальской Индии в конце XVII в. Иезуиты часто были исповедниками губернаторов и многих высших чиновников, которые не раз просили совета в мирских делах. Их влияние, несомненно, было велико в любой области деятельности в португальском мире.