Однако оно не шло ни в какое сравнение с влиянием иезуитов в области образования. Они контролировали Училище искусств, которое было подготовительной ступенью при поступлении в Университет Коимбры. В 1555 г. училище имело исключительное право преподавания латыни и философии. Тем самым оно открывало доступ в университет, имевший четыре факультета – богословия, канонического права, гражданского права и медицины. Несколько лет спустя училище иезуитов в Эворе было преобразовано в университет с такими же привилегиями, что и в Коимбре. Только в Эворе не было факультетов гражданского права и медицинского. Эти два университета – в Коимбре и Эворе – оставались двумя высшими учебными заведениями португальского мира до тех пор, пока Помбал не закрыл второй из них и не реорганизовал первый в 1772 г. Университет Коимбры вновь обрел статус единственного португальского университета, пока либеральное республиканское правительство не создало в 1911 г. университеты в Лиссабоне и Порту. Иезуиты и граждане Баии неоднократно обращались с прошением к королю преобразовать местное иезуитское училище в университет, но каждый раз безуспешно, отчасти из-за противодействия иезуитов и университета Коимбры. Это нежелание тратить деньги на образование в колониях говорит не в пользу португальцев, в отличие от испанских монархов, которые поддерживали образование университетов в Новом Свете в XVI в. (Санто-Доминго, 1511; Мехико, 1533; Лима, 1571).
Не говоря уже о привилегированном положении иезуитов в Коимбре и Эворе, они обладали поистине монополией на высшее образование, создав сеть училищ в Португалии и других областях империи – от Мараньяна до Макао. В этих учебных заведениях учились сыновья местных аристократов и незнатного дворянства, а также среднего класса и даже рабочих. Во всех этих училищах преподавание велось на основе иезуитского учебника для педагогов Ratio Studiorum, окончательно доработанного к 1599 г. и существенно не менявшегося до XIX в. Даваемое иезуитами образование, первоначально самое лучшее для своего времени, по словам Фрэнсиса Бэкона, не успевало за быстрым развитием знаний и появлением в XVII в. новых идей. За небольшими исключениями оно стало формалистским и консервативным; обучение при этом по многим предметам шло на латинском языке. Особое внимание уделялось изучению грамматики, диалектики (логики) и риторики. Основными целями было научить учащихся правильно говорить и писать на латинском языке; совершенствовать их способность к схоластической аргументации, не выходя при этом за рамки учения Римско-католической церкви; позволить заниматься литературными опытами, устраивать дебаты, соревнования, театральные представления и пр.
Учителям и учащимся не позволялось иметь свое независимое критическое суждение и выдвигать предложения, не поддерживаемые начальством, запрещалось говорить то, что могло бы дать повод усомниться в философских взглядах и повредить авторитету Аристотеля и Фомы Аквинского. Маколей, по-видимому, не ошибался, когда утверждал, что «иезуиты, как кажется, открыли ту точку в познании, за которой интеллектуальная культура может перейти в эмансипацию интеллекта». Присуждение научных степеней в области гражданского права и медицины оставались исключительной привилегией Университета Коимбры. Когда в этом появлялась необходимость, в иезуитских училищах преподавались начала истории, географии и математики.
Упор на классические исследования иезуитами не отвергался, но их одержимость культивирования латинского языка (меньше их интересовали древнегреческий и древнееврейский) не означала, что они принимали философские системы древних греков и римлян, которые могли противоречить учению Римско-католической церкви, утвержденному на Тридентском соборе. Как заметил наставник молодого короля Себастиана иезуит Мартин Гонсалвиш да Камара, предпочтительнее учить студентов быть «добрыми христианами и католиками, чем хорошими латинистами