Успехи церкви и гражданских властей в деле обучения учащихся в строгом соответствии с догматами католической церкви объяснялись строгой и бдительной цензурой (начиная с 1555 г.) преподаваемого материала. Португальское отделение инквизиции опубликовало свой первый список запрещенных книг в 1547 г. Этот список дополняли новыми названиями при его переиздании, и в 1624 г. появился наиболее полный и исчерпывающий список. Среди запрещенных книг были не только произведения еретиков и вольнодумцев, но также труды таких глубоко верующих католиков, как Жил Висенте, Жуан де Барруш и доминиканский монах Луис де Гранада. Начиная примерно с 1550 г. ни одна книга не могла быть издана в Португалии, не пройдя строжайшую тройную цензуру: Высокого суда, церковного управления диоцезов и инквизиции. Ввоз книг из-за границы тщательно контролировали инспекторы Священной канцелярии, которые встречали все прибывающие корабли. Все книжные магазины и библиотеки также периодически инспектировались. Эта тройная цензура действовала эффективно и бесперебойно на протяжении почти трех столетий, хотя она и начала ослабевать в правление короля Жуана V (1706–1750). Этот «надзор за мыслями» носил более тоталитарный характер, чем в других государствах, таких как Англия и Франция, где цензура не была столь строгой, или как в Северных Нидерландах, где цензура имелась только на уровне провинций и часто была просто фарсом.
Что касается заморских территорий империи, то все здешние авторы должны были отсылать свои рукописи в Португалию, где они проходили цензуру и затем издавались. Это вело к досадным проволочкам, не говоря уже обо всем прочем. Предприимчивые лиссабонские издатели привезли печатный станок в Гоа в 1560 г., но вскоре он попал в руки иезуитов, которые уже имели типографии в своих миссиях в Японии, Пекине, Макао и на Малабарском берегу. Печатались книги, которые имели отношение только к миссионерству и методике преподавания. Предварительный перечень вышедших в Гоа книг в XVI–XVII вв. показывает, что из около 40 сохранившихся изданий только у двух авторы были миряне. Одна из них была известная Coloquios dos simples е drogas da India («Беседы о простых лекарствах и наркотиках Индии»), вышедшая в 1563 г., автором которой был криптоиудей врач Гарсия д’Орта. Этот труд широко распространился за границей в многочисленных переводах и в адаптированном виде, что было заслугой Карла Клузиуса (1526–1609), в то время как в португальском мире он оставался в забвении на протяжении многих лет.
Иезуиты издали в своих миссиях в Азии большое количество справочников и грамматик местных языков, включая тамильский, японский и маратхи-конкани, за что миссионеры заслуживают признательности. Но непреклонная политика португальского правительства и церковная цензура составляют разительный контраст с либерализмом испанских королей. Испанские монархи разрешили устраивать типографии в своих американских владениях, но при условии, что все печатные издания будут просматриваться местными цензорами. Первые типографии были основаны в Мехико в 1539 г., в Перу в 1584 г. и на Филиппинах в 1593 г. В 1706 и 1747 гг. португальское правительство быстро пресекло попытки начать издательскую деятельность в Бразилии. Португальские миссионеры в Бразилии и Анголе должны были посылать свои катехизисы, грамматики и словари местных языков в Португалию с целью их цензуры и последующей публикации. Испанцы занимались всем этим на месте в типографиях Мехико, Лимы и Манилы. Было весьма типично для «просвещенного деспота» Помбала, что, когда к нему обратились за разрешением вновь организовать типографию в Гоа, он сразу же ответил отказом.