Однако скудность нормативной базы и система «косвенного управления» отнюдь не соответствовали масштабам вмешательства России в политико-правовое развитие Бухары и Хивы. При этом далеко не последнюю роль играл и личностный фактор: достаточно вспомнить ряд выдающихся деятелей российской администрации в Центральной Азии — первого туркестанского генерал-губернатора К. П. фон Кауфмана, первого главу Российского политического агентства Н. В. Чарыкова и других, кто лично или через доверенных представителей нередко влиял на правовую политику как российских властей (в том числе и центральных) по отношению к среднеазиатским ханствам, так и самих монархов Бухары и Хивы. Достаточно широкую свободу действий им давало отсутствие четкой правовой регламентации отношений России с ее вновь появившимися среднеазиатскими протекторатами. Лишь в исключительных случаях взаимоотношения между Россией и Бухарой или Хивой, регламентировались дополнительными соглашениями международного уровня. Чаще всего они решались в текущем порядке, обычно — путем формального издания актов бухарских и хивинских правителей, которые принимались ими по собственной инициативе, однако в большинстве случаев их издание было результатом «лоббирования» со стороны представителей российских властей.
Такими представителями в Бухарском эмирате поначалу являлись доверенные лица туркестанского генерал-губернатора с довольно расплывчатыми, хотя de facto и весьма серьезными полномочиями (см., например: [Арендаренко, 1974]). А в 1886 г. в Бухаре начало работу Российское политическое агентство, также юридически подконтрольное туркестанскому генерал-губернатору, но вместе с тем напрямую взаимодействовавшее и с Министерством иностранных дел Российской империи [Матвеева, 1994]. Иностранные дипломаты и путешественники, посещавшие Бухарский эмират, писали о настоящем всесилии российского политического агента, одно упоминание имени которого открывало любые ворота в Бухаре. Оно заставляло с вниманием относиться ко всем просьбам и пожеланиям тех, кто пользовался покровительством российского дипломатического представителя, обращение к которому «по многим вопросам было бы более эффективным, чем к эмиру» [Добсон, 2013, с. 138]. Сходная ситуация складывалась и в Хивинском ханстве, где роль, аналогичную роли Политического агентства в Бухаре, играл так называемый Амударьинский округ (позднее — отдел). Формально его полномочия сводились лишь к осуществлению контактов с Хивинским ханством от имени империи, фактически же руководство округа играло важную роль в политике Хивы [Ниязматов, 2010, с. 204–206].
Впрочем, следует отметить, что российские дипломатические представители в среднеазиатских ханствах нередко, и в самом деле, старались стимулировать преобразования, которые позволили бы поднять уровень жизни в Бухаре и Хиве, приблизить их систему управления и правоотношений к российским и европейским нормам. Самым главным событием в социальной сфере стала отмена рабства, предусмотренная п. 17 Договора с Хивой и ст. 17 Договора с Бухарой 1873 г., хотя на практике этот процесс затянулся на долгие годы. Иностранные путешественники свидетельствуют, что формально работорговля была под запретом, но фактически она оставалась по-прежнему распространена во всем эмирате, причем и эмир за ее счет пополнял свой гарем. Достаточно сказать, что хотя уже в середине 1870-х годов он «отчитывался» перед туркестанскими властями о полном уничтожении рабства в эмирате [ЦГА РУз, ф. И-1, оп. 20, д. 8223], официальный указ эмира о запрете работорговли был издан лишь в 1886 г.! Соответственно, представителям русских властей приходилось «собственным примером» подталкивать бухарские власти к выполнению этого обязательства: известно, что они выкупали пленников и освобождали их (см., например: [Чернов, 2010, с. 64–66]). Аналогичным образом, и хивинский хан в середине 1870-х годов рапортовал о реализации им соответствующего пункта Гандемианского договора, удостаиваясь похвал туркестанского руководства [ЦГА РУз, ф. И-125, оп. 1, д. 10, л. 23], однако еще и в 1880-е годы имперской пограничной администрации приходилось принимать меры по освобождению из хивинской неволи русских подданных [Там же, д. 27, л. 57].